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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p3b | ||||||
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タイトル | Neisseria meningitidis Type IV pilus SA-GATDH variant | ||||||
要素 | Fimbrial protein | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Pilin / Extracellular / Adhesion / Aggregation | ||||||
機能・相同性 | SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Fernandez-Martinez, D. / Dumenil, G. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of type IV pili complexed with nanobodies reveal immune escape mechanisms. 著者: David Fernandez-Martinez / Youxin Kong / Sylvie Goussard / Agustin Zavala / Pauline Gastineau / Martial Rey / Gabriel Ayme / Julia Chamot-Rooke / Pierre Lafaye / Matthijn Vos / Ariel Mechaly ...著者: David Fernandez-Martinez / Youxin Kong / Sylvie Goussard / Agustin Zavala / Pauline Gastineau / Martial Rey / Gabriel Ayme / Julia Chamot-Rooke / Pierre Lafaye / Matthijn Vos / Ariel Mechaly / Guillaume Duménil / 要旨: Type IV pili (T4P) are prevalent, polymeric surface structures in pathogenic bacteria, making them ideal targets for effective vaccines. However, bacteria have evolved efficient strategies to evade ...Type IV pili (T4P) are prevalent, polymeric surface structures in pathogenic bacteria, making them ideal targets for effective vaccines. However, bacteria have evolved efficient strategies to evade type IV pili-directed antibody responses. Neisseria meningitidis are prototypical type IV pili-expressing Gram-negative bacteria responsible for life threatening sepsis and meningitis. This species has evolved several genetic strategies to modify the surface of its type IV pili, changing pilin subunit amino acid sequence, nature of glycosylation and phosphoforms, but how these modifications affect antibody binding at the structural level is still unknown. Here, to explore this question, we determine cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of pili of different sequence types with sufficiently high resolution to visualize posttranslational modifications. We then generate nanobodies directed against type IV pili which alter pilus function in vitro and in vivo. Cyro-EM in combination with molecular dynamics simulation of the nanobody-pilus complexes reveals how the different types of pili surface modifications alter nanobody binding. Our findings shed light on the impressive complementarity between the different strategies used by bacteria to avoid antibody binding. Importantly, we also show that structural information can be used to make informed modifications in nanobodies as countermeasures to these immune evasion mechanisms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p3b.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p3b.ent.gz | 27.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8p3b_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8p3b_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8p3b_validation.xml.gz | 29 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8p3b_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/8p3b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 17386MC 8p2vC 8p36C 8pijC 8pizC 8pjpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17054.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-G3P / |
#3: 化合物 | ChemComp-WKE / ( 分子量: 292.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PilE variant SA containing GATDH and G3P PTMs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 100.612 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.446 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1127987 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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