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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p0u | ||||||
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タイトル | Thogoto virus polymerase in Mode B conformation with defined endonuclease domain and bound to 32-mer loop promoter RNA | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Thogoto / viral RNA-dependent RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cap snatching / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | ||||||
![]() | Cusack, S. / Kouba, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Thogoto virus polymerase 著者: Kouba, T. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 225.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17338MC ![]() 8p0bC ![]() 8p0gC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71551.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Segment 3 / 発現宿主: ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 81476.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Segment 2 / 発現宿主: ![]() | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 88172.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Segment 1 / 発現宿主: ![]() | ||||
#4: RNA鎖 | 分子量: 10217.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #5: 化合物 | ChemComp-MG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Thogotovirus RNA-directed RNA polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71517 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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