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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p0j | ||||||
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タイトル | Cryo EM map and model of the vaccinia RNA polymerase intermediate pre-initiation open promoter complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase / RNAP / Vaccinia / MPox / PIC / pre-initiation complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / virion component / DNA-templated transcription termination ...inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / virion component / DNA-templated transcription termination / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å | ||||||
![]() | Grimm, C. / Jungwirth, S. / Fischer, U. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo EM map and model of the vaccinia RNA polymerase intermediate pre-initiation open promoter complex (CASP target) 著者: Grimm, C. / Jungwirth, S. / Fischer, U. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 135.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 212.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17334MC ![]() 8p0kC ![]() 8p0nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 8種, 8分子 ABCEFGJS
#1: タンパク質 | 分子量: 146995.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG105, RPO147, J6R / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 133526.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG151, RPO132, A24R / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 35430.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG156, RPO35, A29L / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 21365.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MNQYNVKYLAKILCLKTEIARDPYAVINRNVLLRYTTDIEYNDLVTLITVRHKIDSMKTVFQVFNESSIN YTPVDDDYGEPIIITSYLQKGHNKFPVNFLYIDVVISDLFPSFVRLDTTETNIVNSVLQTGDGKKTLRLP KMLETEIVVKILYRPNIPLKIVRFFRNNMVTGVEIADRSVISVAD 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG103, RPO22, J4R / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 19020.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG131, RPO19, A5R / 発現宿主: ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 17917.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG119, RPO18, D7R / 発現宿主: ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 7299.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG090, RPO7, G5.5R / 発現宿主: ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 29834.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG066, RPO30, E4L / 発現宿主: ![]() ![]() |
-Intermediate transcription factor 3 ... , 2種, 2分子 HI
#7: タンパク質 | 分子量: 44662.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG150, VITF3L, A23R / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#14: タンパク質 | 分子量: 33618.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG134, VITF3S, A8R / 発現宿主: ![]() ![]() |
-MRNA-capping enzyme ... , 2種, 2分子 LO
#9: タンパク質 | 分子量: 33396.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG124, D12L / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#11: タンパク質 | 分子量: 96888.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: OPG113, D1R / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P20979, mRNA 5'-phosphatase, mRNA guanylyltransferase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#10: DNA鎖 | 分子量: 21587.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
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#13: DNA鎖 | 分子量: 21675.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 513分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
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#16: 化合物 | ChemComp-ZN / #17: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.75 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 9318600 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1421158 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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