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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8on7 | ||||||||||||
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タイトル | FMRFa-bound Malacoceros FaNaC1 in lipid nanodiscs | ||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Neuropeptide / ion channel / DEG/ENaC | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
![]() | Kalienkova, V. / Dandamudi, M. / Paulino, C. / Lynagh, T. | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for excitatory neuropeptide signaling. 著者: Valeria Kalienkova / Mowgli Dandamudi / Cristina Paulino / Timothy Lynagh / ![]() ![]() ![]() 要旨: Rapid signaling between neurons is mediated by ligand-gated ion channels, cell-surface proteins with an extracellular ligand-binding domain and a membrane-spanning ion channel domain. The ...Rapid signaling between neurons is mediated by ligand-gated ion channels, cell-surface proteins with an extracellular ligand-binding domain and a membrane-spanning ion channel domain. The degenerin/epithelial sodium channel (DEG/ENaC) superfamily is diverse in terms of its gating stimuli, with some DEG/ENaCs gated by neuropeptides, and others gated by pH, mechanical force or enzymatic activity. The mechanism by which ligands bind to and activate DEG/ENaCs is poorly understood. Here we dissected the structural basis for neuropeptide-gated activity of a neuropeptide-gated DEG/ENaC, FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) from the annelid worm Malacoceros fuliginosus, using cryo-electron microscopy. Structures of FaNaC1 in the ligand-free resting state and in several ligand-bound states reveal the ligand-binding site and capture the ligand-induced conformational changes of channel gating, which we verified with complementary mutagenesis experiments. Our results illuminate channel gating in DEG/ENaCs and offer a structural template for experimental dissection of channel pharmacology and ion conduction. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 327.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 265.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68605.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ON156825.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 598.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: FMRFamide-gated sodium channel 1 (FaNaC1) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.205 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.44 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: nanodisc-reconstituted Malacoceros FaNaC1 bound to the full agonist (FMRFamide) | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: at 5 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 49407 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 105 K / 最低温度: 90 K |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50.11 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4479 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3235905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 458934 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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