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万見
- PDB-8oiu: Cryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oiu
タイトルCryo-EM reconstruction of the native 24-mer E2o core of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex of C. thermophilum at 3.35 A resolution
要素Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Dihydrolipoyl Succinyltransferase / E2 / Oxoglutarate / a-Ketoglutarate
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / tricarboxylic acid cycle / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Dihydrolipoamide succinyltransferase / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Skalidis, I. / Tueting, C. / Kyrilis, F.L. / Hamdi, F. / Kastritis, P.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural analysis of an endogenous 4-megadalton succinyl-CoA-generating metabolon.
著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Toni K Träger / Jaydeep Belapure / Gerd Hause / Marta Fratini / Francis J O'Reilly / Ingo Heilmann / Juri Rappsilber / ...著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Toni K Träger / Jaydeep Belapure / Gerd Hause / Marta Fratini / Francis J O'Reilly / Ingo Heilmann / Juri Rappsilber / Panagiotis L Kastritis /
要旨: The oxoglutarate dehydrogenase complex (OGDHc) participates in the tricarboxylic acid cycle and, in a multi-step reaction, decarboxylates α-ketoglutarate, transfers succinyl to CoA, and reduces NAD+. ...The oxoglutarate dehydrogenase complex (OGDHc) participates in the tricarboxylic acid cycle and, in a multi-step reaction, decarboxylates α-ketoglutarate, transfers succinyl to CoA, and reduces NAD+. Due to its pivotal role in metabolism, OGDHc enzymatic components have been studied in isolation; however, their interactions within the endogenous OGDHc remain elusive. Here, we discern the organization of a thermophilic, eukaryotic, native OGDHc in its active state. By combining biochemical, biophysical, and bioinformatic methods, we resolve its composition, 3D architecture, and molecular function at 3.35 Å resolution. We further report the high-resolution cryo-EM structure of the OGDHc core (E2o), which displays various structural adaptations. These include hydrogen bonding patterns confining interactions of OGDHc participating enzymes (E1o-E2o-E3), electrostatic tunneling that drives inter-subunit communication, and the presence of a flexible subunit (E3BPo), connecting E2o and E3. This multi-scale analysis of a succinyl-CoA-producing native cell extract provides a blueprint for structure-function studies of complex mixtures of medical and biotechnological value.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9871
ポリマ－45,9871
非ポリマー00
水00
1
A: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,103,68824
ポリマ－1,103,68824
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation23

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要素

#1: タンパク質 Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase


分子量: 45987.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
参照: UniProt: G0SAX9, dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 200 mM / 名称: Ammonium acetate / 式: NH4CH2COOH
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: For plunging, blot force 0 and blotting time of 4 sec were applied.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 103.15 K / 最低温度: 77.15 K
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 21381

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.1粒子像選択
2EPU2.6画像取得Data collection
4cryoSPARC3.1CTF補正Patch CTF
7UCSF ChimeraX1.2モデルフィッティングRigid fitting
9PHENIX1.19モデル精密化Real-space refinement
10cryoSPARC3.1初期オイラー角割当Ab-initio reconstruction
11cryoSPARC3.1最終オイラー角割当Local refinement (NEW)
12cryoSPARC3.1分類2D classification
13cryoSPARC3.1３次元再構成Local refinement (NEW)
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1300 / 詳細: Template picking was directly applied
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69028 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT)
詳細: Particles were symmetry expanded for the final reconstruction, then local reconstruction was performed without symmetry application.
クラス平均像の数: 50 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
詳細: Initial fitting was performed in ChimeraX v1.2, then real-space refined in PHENIX v1.19
原子モデル構築PDB-ID: 7Q5Q

7q5q


PDB chain-ID: all / Accession code: 7Q5Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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