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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ogj | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloquine | |||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Candida albicans / mefloquine | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / yeast-form cell wall / regulation of cytoplasmic translation / GCN2-mediated signaling / invasive growth in response to glucose limitation ...filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / yeast-form cell wall / regulation of cytoplasmic translation / GCN2-mediated signaling / invasive growth in response to glucose limitation / hyphal cell wall / preribosome / negative regulation of p38MAPK cascade / filamentous growth / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / mRNA destabilization / signaling receptor activator activity / negative regulation of translational frameshifting / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / translational elongation / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / positive regulation of autophagy / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to starvation / ribosomal large subunit biogenesis / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / extracellular vesicle / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / cell adhesion / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / cell surface / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
![]() | Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Stetsenko, A. / Guskov, A. / Yusupov, M. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of read-through enhancement by aminoglycosides and mefloquine 著者: Kolosova, O. / Zgadzay, Y. / Yusupov, M. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16874MC ![]() 8cq7C ![]() 8cqwC ![]() 8creC ![]() 8oeqC ![]() 8oh6C ![]() 8oi5C ![]() 8oj3C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 13410A
#1: RNA鎖 | 分子量: 1085278.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38943.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50683.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: RNA鎖 | 分子量: 24385.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: correct sequence GGCAGCAUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGUAGGACUCAUAAGCCUAAGGUCACUGGUUCAAUUCCAGUUCUGCUACCA (GGCAG-gap-CUGCUACCA) 由来: (天然) ![]() |
#46: RNA鎖 | 分子量: 575838.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 jklmnopqrstuvyz025678AAABACADAEAFAGAHAJ...
-Ribosomal protein ... , 10種, 10分子 wx9AIDEGKVY
#18: タンパク質 | 分子量: 22685.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#19: タンパク質 | 分子量: 21002.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 14215.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 14118.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 26917.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 27313.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 25319.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#56: タンパク質 | 分子量: 21765.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#67: タンパク質 | 分子量: 13366.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#70: タンパク質 | 分子量: 16000.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+40S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 BCFHIJLMNOPQRSTUWXZabcdef
-タンパク質 , 2種, 2分子 gh
#78: タンパク質 | 分子量: 22615.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#79: タンパク質 | 分子量: 34593.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 441分子 






#80: 化合物 | #81: 化合物 | ChemComp-SPK / | #82: 化合物 | ChemComp-MG / #83: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Candida albicans 80S ribosome in complex with mefloquine タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 3.3 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 16000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 5000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 47.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc4_4035: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49801 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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