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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kig | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119 | |||||||||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / alpha-MSH / MC3R | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() homoiothermy / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / sodium ion homeostasis / regulation of feeding behavior / neuropeptide binding / regulation of metabolic process / locomotor rhythm / peptide hormone binding ...homoiothermy / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / sodium ion homeostasis / regulation of feeding behavior / neuropeptide binding / regulation of metabolic process / locomotor rhythm / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of heart rate / Peptide ligand-binding receptors / circadian regulation of gene expression / electron transport chain / regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Chen, Q. / Fu, J. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 2件
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![]() | ![]() タイトル: Structure basis of ligand selectivity and signal transduction in human melanocortin-3 receptor 著者: Jingpeng, F. / Hongli, H. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69030.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: cybC, MC3R, PAB2292 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P41968, UniProt: Q9V2J8 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1078.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: The complex of alpha -MSH coupled MC3R-Gas / タイプ: COMPLEX 詳細: Cryo-EM structure of the agonist a-MSH bound to the active melanocortin-3 receptor (MC3R) in complex with the heterotrimeric Gs protein at 2.9 A resolution. Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 569550 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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