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- PDB-8kig: Cryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kig
タイトルCryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119
要素
  • SHU9119
  • Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 3,GlgA glycogen synthase,Fusion protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / alpha-MSH / MC3R
機能・相同性
機能・相同性情報


homoiothermy / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / sodium ion homeostasis / regulation of feeding behavior / neuropeptide binding / regulation of metabolic process / locomotor rhythm / peptide hormone binding ...homoiothermy / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / sodium ion homeostasis / regulation of feeding behavior / neuropeptide binding / regulation of metabolic process / locomotor rhythm / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of heart rate / Peptide ligand-binding receptors / circadian regulation of gene expression / electron transport chain / regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Melanocortin 3 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 ...Melanocortin 3 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Melanocortin receptor 3 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen, Q. / Fu, J.
資金援助2件
組織認可番号
Other governmentShenzhen Science and Technology Innovation Committee
Other privateGanghong Young Scholar Development Fund
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure basis of ligand selectivity and signal transduction in human melanocortin-3 receptor
著者: Jingpeng, F. / Hongli, H.
履歴
登録2023年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 3,GlgA glycogen synthase,Fusion protein
L: SHU9119
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1493
ポリマ-70,1092
非ポリマー401
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 3,GlgA glycogen synthase,Fusion protein / Cytochrome b-562 / MC3-R / Glycogen synthase


分子量: 69030.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: cybC, MC3R, PAB2292
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P41968, UniProt: Q9V2J8
#2: タンパク質・ペプチド SHU9119


分子量: 1078.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The complex of alpha -MSH coupled MC3R-Gas / タイプ: COMPLEX
詳細: Cryo-EM structure of the agonist a-MSH bound to the active melanocortin-3 receptor (MC3R) in complex with the heterotrimeric Gs protein at 2.9 A resolution.
Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Escherichia coli (大腸菌)562
41Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)272844
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 569550 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0062163
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7192942
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.607287
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045364
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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