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万見
- PDB-8kic: Bacterial serine protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kic
タイトルBacterial serine protease
要素
  • (Lysozyme fragment (unknown sequence)) x 3
  • peptidase Do
キーワードHYDROLASE / Seine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / cell envelope / : / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, Do / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Lee, I.-G. / Jeon, H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other privateLF-RSP2022-02 韓国
引用ジャーナル: Adv Mater / 年: 2024
タイトル: Polymorphic Self-Assembly with Procedural Flexibility for Monodisperse Quaternary Protein Structures of DegQ Enzymes.
著者: Hanul Jeon / Ah-Reum Han / Sangmin Oh / Jin-Gyeong Park / Myeong Namkoong / Kyeong-Mi Bang / Ho Min Kim / Nak-Kyoon Kim / Kwang Yeon Hwang / Kahyun Hur / Bong-Jin Lee / Jeongyun Heo / Sehoon ...著者: Hanul Jeon / Ah-Reum Han / Sangmin Oh / Jin-Gyeong Park / Myeong Namkoong / Kyeong-Mi Bang / Ho Min Kim / Nak-Kyoon Kim / Kwang Yeon Hwang / Kahyun Hur / Bong-Jin Lee / Jeongyun Heo / Sehoon Kim / Hyun Kyu Song / Hyesung Cho / In-Gyun Lee /
要旨: As large molecular tertiary structures, some proteins can act as small robots that find, bind, and chaperone target protein clients, showing the potential to serve as smart building blocks in self- ...As large molecular tertiary structures, some proteins can act as small robots that find, bind, and chaperone target protein clients, showing the potential to serve as smart building blocks in self-assembly fields. Instead of using such intrinsic functions, most self-assembly methodologies for proteins aim for de novo-designed structures with accurate geometric assemblies, which can limit procedural flexibility. Here, a strategy enabling polymorphic clustering of quaternary proteins, exhibiting simplicity and flexibility of self-assembling paths for proteins in forming monodisperse quaternary cage particles is presented. It is proposed that the enzyme protomer DegQ, previously solved at low resolution, may potentially be usable as a threefold symmetric building block, which can form polyhedral cages incorporated by the chaperone action of DegQ in the presence of protein clients. To obtain highly monodisperse cage particles, soft, and hence, less resistive client proteins, which can program the inherent chaperone activity of DegQ to efficient formations of polymorphic cages, depending on the size of clients are utilized. By reconstructing the atomic resolution cryogenic electron microscopy DegQ structures using obtained 12- and 24-meric clusters, the polymorphic clustering of DegQ enzymes is validated in terms of soft and rigid domains, which will provide effective routes for protein self-assemblies with procedural flexibility.
履歴
登録2023年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22026年1月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22026年1月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: peptidase Do
E: peptidase Do
F: peptidase Do
C: peptidase Do
A: peptidase Do
B: peptidase Do
G: Lysozyme fragment (unknown sequence)
H: Lysozyme fragment (unknown sequence)
I: Lysozyme fragment (unknown sequence)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,9229
ポリマ－291,9229
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
peptidase Do


分子量: 48361.047 Da / 分子数: 6 / 変異: S214A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: degQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SRW2
#2: タンパク質・ペプチド Lysozyme fragment (unknown sequence)


分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: egg white / Plasmid details: purified from chicken egg white
#3: タンパク質・ペプチド Lysozyme fragment (unknown sequence)


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: egg white
#4: タンパク質・ペプチド Lysozyme fragment (unknown sequence)


分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: Chichken egg white
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacterial serine protease-lysozyme complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 67.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 382427 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048619
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65711637
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.541221
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471401
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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