PDB-8kia: Tomato spotted wilt virus L protein (apo state)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kia

タイトル

Tomato spotted wilt virus L protein (apo state)

要素

RNA-directed RNA polymerase L

キーワード

VIRAL PROTEIN / Tomato spotted wilt virus / L protein

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å

データ登録者

Cao, L. / Wang, X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Tomato spotted wilt virus L protein.
著者: Cao, L. / Wang, X.

履歴

登録	2023年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kia.cif.gz	296.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kia.ent.gz	231.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8kia_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8kia_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8kia_validation.xml.gz	55.1 KB	表示
CIF形式データ	8kia_validation.cif.gz	81.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/8kia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/8kia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	37256MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA-directed RNA polymerase L

204 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	RNA-directed RNA polymerase L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase 分子量: 204394.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A7G8JUQ9, RNA-directed RNA polymerase

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Tomato spotted wilt virus Lprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Orthotospovirus tomatomaculae (ウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: FEI TITAN
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 359068 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	12952
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.301	17447
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	7.015	1693
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.063	1983
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	2182

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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