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- PDB-8kgg: LPS-bound P2Y10 in complex with G13 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kgg
タイトルLPS-bound P2Y10 in complex with G13
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Putative P2Y purinoceptor 10
  • scFv16
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR-G-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


D5 dopamine receptor binding / P2Y receptors / regulation of fibroblast migration / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of urine volume / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation ...D5 dopamine receptor binding / P2Y receptors / regulation of fibroblast migration / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of urine volume / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / negative regulation of synaptic transmission / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of Rho protein signal transduction / branching involved in blood vessel morphogenesis / NRAGE signals death through JNK / neuronal dense core vesicle / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / regulation of calcium ion transport / Rho protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of apoptotic signaling pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / response to nutrient / positive regulation of superoxide anion generation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / brush border membrane / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein activity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / platelet activation / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / regulation of blood pressure / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / melanosome / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / regulation of cell shape / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell body / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / in utero embryonic development / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division
類似検索 - 分子機能
G-protein alpha subunit, group 12/13 / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain ...G-protein alpha subunit, group 12/13 / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WJS / Putative P2Y purinoceptor 10 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者He, Y. / Yin, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070048 中国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Insights into lysophosphatidylserine recognition and Gα-coupling specificity of P2Y10.
著者: Han Yin / Nozomi Kamakura / Yu Qian / Manae Tatsumi / Tatsuya Ikuta / Jiale Liang / Zhenmei Xu / Ruixue Xia / Anqi Zhang / Changyou Guo / Asuka Inoue / Yuanzheng He /
要旨: The lysophosphatidylserine (LysoPS) receptor P2Y10, also known as LPS, plays crucial roles in the regulation of immune responses and holds promise for the treatment of autoimmune diseases. Here, we ...The lysophosphatidylserine (LysoPS) receptor P2Y10, also known as LPS, plays crucial roles in the regulation of immune responses and holds promise for the treatment of autoimmune diseases. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of LysoPS-bound P2Y10 in complex with an engineered G heterotrimeric protein. The structure and a mutagenesis study highlight the predominant role of a comprehensive polar network in facilitating the binding and activation of the receptor by LysoPS. This interaction pattern is preserved in GPR174, but not in GPR34. Moreover, our structural study unveils the essential interactions that underlie the Gα engagement of P2Y10 and identifies key determinants for Gα-vs.-Gα-coupling selectivity, whose mutations selectively disrupt Gα engagement while preserving the intact coupling of Gα. The combined structural and functional studies provide insights into the molecular mechanisms of LysoPS recognition and Gα coupling specificity.
履歴
登録2023年8月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
E: scFv16
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
R: Putative P2Y purinoceptor 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9386
ポリマ－137,4405
非ポリマー4971
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / G alpha-13 / G-protein subunit alpha-13


分子量: 26574.400 Da / 分子数: 1
変異: C3S,M18E,N22C,R24S,E25R,D26E,G27K,E28T,K29Y,A30V,A31K,E33L,L36I,G42D,E43N,I49F,V50L,K54R,S111D,E114D,I134D,I218A,V221I
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI2, GNAI2B, GNA13
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04899, UniProt: Q14344
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37915.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 ER

#3: 抗体 scFv16


分子量: 26277.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: タンパク質 Putative P2Y purinoceptor 10


分子量: 38812.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RY10
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00398
#6: 化合物 ChemComp-WJS / (2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid


分子量: 497.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20NO9P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GPCR/G-protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238361 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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