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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kcb | ||||||
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タイトル | Complex of DDM1-nucleosome(H2A) complex with DDM1 bound to SHL2 | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / DDM1 / nucleosome / H2A | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-mediated transformation / retrotransposition / chromocenter / : / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / thylakoid / ATP-dependent chromatin remodeler activity ...DNA-mediated transformation / retrotransposition / chromocenter / : / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / thylakoid / ATP-dependent chromatin remodeler activity / plastid / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / DNA helicase activity / chloroplast / response to bacterium / response to wounding / structural constituent of chromatin / peroxisome / nucleosome / nucleosome assembly / DNA helicase / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / nucleolus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular region / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | ||||||
![]() | Zhang, H. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of heterochromatin remodeling revealed by the DDM1 bound nucleosome structures. 著者: Hongwei Zhang / Zhanxi Gu / Yuan Zeng / Yu Zhang / ![]() 要旨: The SWI/SNF2 chromatin remodeling factor decreased DNA methylation 1 (DDM1) is essential for the silencing of transposable elements (TEs) in both euchromatic and heterochromatic regions. Here, we ...The SWI/SNF2 chromatin remodeling factor decreased DNA methylation 1 (DDM1) is essential for the silencing of transposable elements (TEs) in both euchromatic and heterochromatic regions. Here, we determined the cryo-EM structures of DDM1-nucleosome and DDM1-nucleosome complexes at near-atomic resolution in the presence of the ATP analog ADP-BeFx. The structures show that nucleosomal DNA is unwrapped more on the surface of the histone octamer containing histone H2A than that containing histone H2A.W. DDM1 embraces one DNA gyre of the nucleosome and interacts with the N-terminal tails of histone H4. Although we did not observe DDM1-H2A.W interactions in our structures, the results of the pull-down experiments suggest a direct interaction between DDM1 and the core region of histone H2A.W. Our work provides mechanistic insights into the heterochromatin remodeling process driven by DDM1 in plants. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 379.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 286.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 78.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 37098MC ![]() 8kccC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 9分子 DCFEHGABK
#1: タンパク質 | 分子量: 15767.544 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: At5g22880, MRN17.11 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 15300.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HTR2, At1g09200, T12M4.9, HTR3, At3g27360, K1G2.8, HTR13, At5g10390, F12B17_260, HTR9, At5g10400, F12B17_250, HTR1, At5g65360, MNA5.9 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 11436.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: At1g07660, F24B9.25, At1g07820, F24B9.8, At2g28740, F8N16.2, T11P11.4, At3g45930, F16L2_140, At3g46320, F18L15.40, At3g53730, F5K20_30, At5g59690, MTH12.10, At5g59970, MMN10.22 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13680.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RAT5, H2A-1, At5g54640, MRB17.14 / 発現宿主: ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 86757.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DDM1, CHA1, CHR1, SOM1, SOM4, At5g66750, MSN2.14 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9XFH4, DNA helicase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 52199.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 52764.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/BEF.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-BEF / |
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#9: 化合物 | ChemComp-ADP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of DDM1-nucleosome(H2A.W) complex with DDM1 bound to SHL2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 239089 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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