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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k7t | ||||||
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タイトル | Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / IgE / high-affinity IgE receptor / allergy | ||||||
機能・相同性 | ![]() Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of mast cell apoptotic process ...Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of mast cell apoptotic process / high-affinity IgE receptor activity / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / Fc-gamma receptor III complex / mast cell apoptotic process / mast cell activation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / serotonin secretion by platelet / positive regulation of interleukin-3 production / FCERI mediated NF-kB activation / Cell surface interactions at the vascular wall / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation / regulation of platelet activation / positive regulation of type III hypersensitivity / IgE binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of protein localization to cell surface / : / leukotriene biosynthetic process / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / IgG binding / mast cell degranulation / phagocytosis, engulfment / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of calcium-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / Neutrophil degranulation / SH2 domain binding / osteoclast differentiation / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / phosphoprotein binding / calcium-mediated signaling / receptor internalization / positive regulation of interleukin-6 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway / endosome / defense response to bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / membrane raft / external side of plasma membrane / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å | ||||||
![]() | Zhang, Z. / Yui, M. / Ohto, U. / Shimizu, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Mouse Fc epsilon RI in complex withMouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc mIgE Fc 著者: Zhang, Z. / Yui, M. / Ohto, U. / Shimizu, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 215.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36941MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit ... , 3種, 4分子 AGHB
#1: タンパク質 | 分子量: 31646.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11890.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 27166.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 2分子 EF
#4: タンパク質 | 分子量: 40369.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 11分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 61 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91911 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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