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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k6n | ||||||
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タイトル | Structural complex of neuropeptide Y receptor 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / neuropeptide Y receptor 2 / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / synaptic signaling via neuropeptide / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / neuropeptide Y receptor binding / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of appetite / adult feeding behavior / cardiac left ventricle morphogenesis / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway ...peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / synaptic signaling via neuropeptide / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / neuropeptide Y receptor binding / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of appetite / adult feeding behavior / cardiac left ventricle morphogenesis / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of urine volume / negative regulation of adenylate cyclase activity / neuropeptide hormone activity / positive regulation of neural precursor cell proliferation / non-motile cilium / feeding behavior / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / negative regulation of synaptic transmission / central nervous system neuron development / neuronal dense core vesicle / outflow tract morphogenesis / regulation of calcium ion transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / negative regulation of apoptotic signaling pathway / neuropeptide signaling pathway / calcium channel regulator activity / Adenylate cyclase inhibitory pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / GABA-ergic synapse / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / response to nutrient / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of superoxide anion generation / Regulation of insulin secretion / locomotory behavior / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / cilium / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / cerebral cortex development / G beta:gamma signalling through CDC42 / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G beta:gamma signalling through BTK / regulation of blood pressure / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / G alpha (z) signalling events / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / signaling receptor activity / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / midbody / G alpha (i) signalling events / cell body / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Shen, S.Y. / Zhao, C. / Shao, Z.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural complex of neuropeptide Y receptor 2 著者: Shen, S.Y. / Shao, Z.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k6n.cif.gz | 220.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k6n.ent.gz | 170.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k6n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k6n_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k6n_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k6n_validation.xml.gz | 42.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k6n_validation.cif.gz | 63.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/8k6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/8k6n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36924MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 40502.863 Da / 分子数: 1 / 変異: S47N,G204A,E246A,A327S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI2, GNAI2B 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P04899 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39141.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62873 |
#3: タンパク質 | 分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P59768 |
-タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 抗体 , 3種, 3分子 DES
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4278.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01303 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 38321.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPY2R 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P49146 |
#6: 抗体 | 分子量: 28636.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 57 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 738846 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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