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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k04 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of a 2,3-hydroxycinnamic acid 1,2-dioxygenase MhpB in apo form | ||||||
要素 | 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | 3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase / 3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase activity / 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / 3-phenylpropionate catabolic process / ferrous iron binding / 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Ma, L.X. / Xing, Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of the NADP-dependent malic enzyme in complex with oxaloacetate 著者: Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Wu, M. / Ma, L.X. / Xing, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k04.cif.gz | 528.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k04.ent.gz | 434 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k04.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k04_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k04_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k04_validation.xml.gz | 88.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k04_validation.cif.gz | 121.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k04 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36757MC 8jzoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 1 - 314 / Label seq-ID: 1 - 314
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34230.961 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: mhpB, mhpB_1, A6592_08360, AAG43_003122, ACU57_18785, AM464_18695, AT845_003692, AW119_11075, BEA19_09385, BF481_002201, BG944_000993, BGM66_001457, BJI68_13680, BJJ90_20525, BKL28_002951, ...遺伝子: mhpB, mhpB_1, A6592_08360, AAG43_003122, ACU57_18785, AM464_18695, AT845_003692, AW119_11075, BEA19_09385, BF481_002201, BG944_000993, BGM66_001457, BJI68_13680, BJJ90_20525, BKL28_002951, BLM69_004076, BMC79_001945, BMT50_03125, BMT91_19310, BON92_03390, BTB68_001828, BUO55_000492, BvCmsKKP061_02674, BXT93_09690, BZL69_13825, C0P57_002705, C2R31_002140, C3F40_10810, C5N07_24670, C9E67_23975, CA593_01390, CDL36_14360, CDL37_09265, CG831_000406, CIG67_02690, CQ986_000779, CV83915_01226, CX938_004022, D0X26_07210, D4M65_16025, D9H94_11950, DN627_27135, DTL43_07625, DTL90_10525, DTM45_10750, DU321_19275, E4K51_23600, E5H86_16710, E6D34_13465, EA435_05985, EAN77_08135, EAX79_07015, EBP16_14625, ECs0403, EIZ93_16195, EL79_3496, ELT17_10045, ELT48_00575, ELX68_17755, ELX76_06030, ELX79_17290, EPS76_18260, ERS139208_01777, ExPECSC038_04860, F7F11_06665, F9413_17095, F9461_15720, F9S83_01345, FDM60_22665, FJQ53_15090, FKO60_15565, FOI11_011700, FOI11_08345, FPI65_01895, FV293_06300, FVB16_14265, FWK02_24950, FZU14_00995, G3565_02695, G3V95_15725, G4A38_05225, G4A47_03610, GF699_21980, GFY34_04780, GIB53_19760, GJ11_02180, GJO56_07880, GKF66_16190, GKF89_21475, GNW61_15375, GOP25_04445, GP944_04070, GP965_12675, GQM13_16935, GQM21_19370, GRC73_20955, GRW05_10415, GRW57_19650, GSM54_06355, GUI33_03835, H0O72_17150, HEP30_020365, HHH44_001337, HI055_001759, HIE29_000752, HJQ60_002399, HKA49_003062, HLV18_07550, HLX92_10820, HLZ50_17845, HMV95_12485, HV109_18305, HVY77_20140, HVZ29_04840, HX136_19710, IH772_19545, J4S20_003623, J5U05_003482, NCTC10418_05740, NCTC10429_03811, NCTC10764_05415, NCTC10974_04398, NCTC11126_05668, NCTC12950_04217, NCTC13127_05199, NCTC13148_06746, NCTC13216_02859, NCTC8179_01606, NCTC8333_04573, NCTC8450_01327, NCTC8622_02936, NCTC9044_03463, NCTC9045_04477, NCTC9073_03083, NCTC9077_04839, NCTC9111_04016, NCTC9962_02508, ND22_001410, SAMEA3472044_00503, SAMEA3472056_02987, SAMEA3751407_04552, SAMEA3752557_00177, SAMEA3753106_00568, WR15_20705 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: C3TMW2, 3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 39 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 364814 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 161.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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