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- PDB-8k04: CryoEM structure of a 2,3-hydroxycinnamic acid 1,2-dioxygenase Mh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k04
タイトルCryoEM structure of a 2,3-hydroxycinnamic acid 1,2-dioxygenase MhpB in apo form
要素2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / dioxygenase
機能・相同性3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase / 3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase activity / 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / 3-phenylpropionate catabolic process / ferrous iron binding / 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Ma, L.X. / Xing, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2021YFC2100100 中国
引用ジャーナル: J Hazard Mater / 年: 2025
タイトル: Structural and catalytic insights into MhpB: A dioxygenase enzyme for degrading catecholic pollutants.
著者: Xu Dong / Manli Xu / Miao Wu / Ying Wang / Xiaoqi Cheng / Wenxue Jiang / Dule Zheng / Ahmed Habiba Omar / Yibin Cheng / Aitao Li / Lixin Ma / Qiong Xing /
要旨: The increasing environmental pollution from persistent aromatic compounds requires effective biodegradation strategies. In this study, we focused on MhpB, an extradiol dioxygenase (EDO) from ...The increasing environmental pollution from persistent aromatic compounds requires effective biodegradation strategies. In this study, we focused on MhpB, an extradiol dioxygenase (EDO) from Escherichia coli. It is known for its role in the degradation of catechols, key intermediates in the degradation of aromatic compounds. We report the high-resolution structure of MhpB determined by cryo-electron microscopy, revealing a decameric conformation with the catalytic chamber at the side. The structure-based analysis allowed us to investigate the substrate-enzyme interaction and the substrate selectivity, which are crucial for its catalytic function. Site-directed mutagenesis was used to modulate the in vitro and in vivo substrate preference of MhpB, enhancing its potential for industrial applications in pollutant degradation. The study provides insight into the mechanism of the enzyme and paves the way for the development of engineered EDOs for environmental remediation of aromatic pollutants.
履歴
登録2023年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
B: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
C: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
D: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
E: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
F: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
G: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
H: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
I: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase
J: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,31010
ポリマ－342,31010
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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NCSドメイン領域:

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Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
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要素

#1: タンパク質
2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase / 3-carboxyethylcatechol 2 / 3-dioxygenase


分子量: 34230.961 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: mhpB, mhpB_1, A6592_08360, AAG43_003122, ACU57_18785, AM464_18695, AT845_003692, AW119_11075, BEA19_09385, BF481_002201, BG944_000993, BGM66_001457, BJI68_13680, BJJ90_20525, BKL28_002951, ...遺伝子: mhpB, mhpB_1, A6592_08360, AAG43_003122, ACU57_18785, AM464_18695, AT845_003692, AW119_11075, BEA19_09385, BF481_002201, BG944_000993, BGM66_001457, BJI68_13680, BJJ90_20525, BKL28_002951, BLM69_004076, BMC79_001945, BMT50_03125, BMT91_19310, BON92_03390, BTB68_001828, BUO55_000492, BvCmsKKP061_02674, BXT93_09690, BZL69_13825, C0P57_002705, C2R31_002140, C3F40_10810, C5N07_24670, C9E67_23975, CA593_01390, CDL36_14360, CDL37_09265, CG831_000406, CIG67_02690, CQ986_000779, CV83915_01226, CX938_004022, D0X26_07210, D4M65_16025, D9H94_11950, DN627_27135, DTL43_07625, DTL90_10525, DTM45_10750, DU321_19275, E4K51_23600, E5H86_16710, E6D34_13465, EA435_05985, EAN77_08135, EAX79_07015, EBP16_14625, ECs0403, EIZ93_16195, EL79_3496, ELT17_10045, ELT48_00575, ELX68_17755, ELX76_06030, ELX79_17290, EPS76_18260, ERS139208_01777, ExPECSC038_04860, F7F11_06665, F9413_17095, F9461_15720, F9S83_01345, FDM60_22665, FJQ53_15090, FKO60_15565, FOI11_011700, FOI11_08345, FPI65_01895, FV293_06300, FVB16_14265, FWK02_24950, FZU14_00995, G3565_02695, G3V95_15725, G4A38_05225, G4A47_03610, GF699_21980, GFY34_04780, GIB53_19760, GJ11_02180, GJO56_07880, GKF66_16190, GKF89_21475, GNW61_15375, GOP25_04445, GP944_04070, GP965_12675, GQM13_16935, GQM21_19370, GRC73_20955, GRW05_10415, GRW57_19650, GSM54_06355, GUI33_03835, H0O72_17150, HEP30_020365, HHH44_001337, HI055_001759, HIE29_000752, HJQ60_002399, HKA49_003062, HLV18_07550, HLX92_10820, HLZ50_17845, HMV95_12485, HV109_18305, HVY77_20140, HVZ29_04840, HX136_19710, IH772_19545, J4S20_003623, J5U05_003482, NCTC10418_05740, NCTC10429_03811, NCTC10764_05415, NCTC10974_04398, NCTC11126_05668, NCTC12950_04217, NCTC13127_05199, NCTC13148_06746, NCTC13216_02859, NCTC8179_01606, NCTC8333_04573, NCTC8450_01327, NCTC8622_02936, NCTC9044_03463, NCTC9045_04477, NCTC9073_03083, NCTC9077_04839, NCTC9111_04016, NCTC9962_02508, ND22_001410, SAMEA3472044_00503, SAMEA3472056_02987, SAMEA3751407_04552, SAMEA3752557_00177, SAMEA3753106_00568, WR15_20705
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: C3TMW2, 3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 39 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 364814 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 161.15 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010924740
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.742933650
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04673680
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00464460
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.06223380
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708921267193
ens_1d_3IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000699238984342
ens_1d_4IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000715794740102
ens_1d_5IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0742115612656
ens_1d_6IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070869891733
ens_1d_7IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0742149278015
ens_1d_8IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707948234127
ens_1d_9IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701542354302
ens_1d_10IIELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070690614069

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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