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万見
- PDB-8jzl: CryoEM structure of the Salmonella effector inositol phosphate ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jzl
タイトルCryoEM structure of the Salmonella effector inositol phosphate phosphatase SopB
要素Inositol phosphate phosphatase SopB
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Type III secretion system / inositol phosphate phosphatase / bacteria effector
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of signaling / symbiont-containing vacuole / lipid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / regulation of protein kinase activity / positive regulation of DNA replication / molecular function activator activity / cell periphery / negative regulation of cell growth
類似検索 - 分子機能
Phosphatase IpgD/SopB / Enterobacterial virulence protein IpgD
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol phosphate phosphatase SopB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Wu, M. / Ma, L.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2021YFC2100100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the Salmonella effector inositol phosphate phosphatase SopB
著者: Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Wu, M. / Ma, L.X. / Xing, Q.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol phosphate phosphatase SopB
B: Inositol phosphate phosphatase SopB
C: Inositol phosphate phosphatase SopB
D: Inositol phosphate phosphatase SopB
E: Inositol phosphate phosphatase SopB
F: Inositol phosphate phosphatase SopB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,3166
ポリマ－330,3166
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 64 - 561 / Label seq-ID: 1 - 498

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB
d_3CC
d_4DD
d_5EE
d_6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.499882745229, -0.866093083488, 0.000108427577219), (0.866093051754, -0.499882756417, -0.000235670311664), (0.000258313503088, -2.38991511163E-5, 0.999999966351)172.257798903, 27.4724704262, -0.0220970758051
2given(-0.500107316917, 0.865963296165, 0.000491182304885), (-0.865963193328, -0.5001075208, 0.000464154608698), (0.000647584819635, -0.000193218681254, 0.99999977165)62.3318469419, 162.914144915, -0.0387253248703
3given(-0.999999859993, 9.1167194492E-5, 0.00052125077187), (9.11641291908E-5, 0.999999995827, -5.9044217242E-6), (-0.000521251307984, -5.85690152484E-6, -0.999999864131)156.376986986, -0.00851175192321, 124.710603874
4given(0.500442312929, 0.865769828572, -0.000308811255429), (0.865769803912, -0.500442388088, -0.000250677412582), (-0.000371571182654, -0.000141909875907, -0.999999920898)-15.8632697144, 27.547072812, 124.708476123
5given(0.499958687244, -0.866049188532, -0.000337775414112), (-0.866049073483, -0.499958796876, 0.000451381732919), (-0.000559792573166, 6.68578658006E-5, -0.999999841081)94.079426173, 162.908198792, 124.704963231

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要素

#1: タンパク質
Inositol phosphate phosphatase SopB / Effector protein SopB


分子量: 55052.680 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
遺伝子: sopB, sigD, STM1091 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O30916, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 39 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241912 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 134.99 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008523628
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.646331944
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04543546
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00324164
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.14393138
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0007102396725
ens_1d_3AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000713808770802
ens_1d_4AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707414130574
ens_1d_5AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000712458460239
ens_1d_6AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708337389142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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