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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8juz | ||||||||||||||||||
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タイトル | Human ATAD2 Walker B mutant-H3/H4K5Q complex, ATP state (Class III) | ||||||||||||||||||
要素 | ATPase family AAA domain-containing protein 2 | ||||||||||||||||||
キーワード | GENE REGULATION / Histone chaperone / AAA+ ATPase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.29 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Cho, C. / Song, J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 5件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Structure of the human ATAD2 AAA+ histone chaperone reveals mechanism of regulation and inter-subunit communication. 著者: Carol Cho / Christian Ganser / Takayuki Uchihashi / Koichi Kato / Ji-Joon Song / 要旨: ATAD2 is a non-canonical ATP-dependent histone chaperone and a major cancer target. Despite widespread efforts to design drugs targeting the ATAD2 bromodomain, little is known about the overall ...ATAD2 is a non-canonical ATP-dependent histone chaperone and a major cancer target. Despite widespread efforts to design drugs targeting the ATAD2 bromodomain, little is known about the overall structural organization and regulation of ATAD2. Here, we present the 3.1 Å cryo-EM structure of human ATAD2 in the ATP state, showing a shallow hexameric spiral that binds a peptide substrate at the central pore. The spiral conformation is locked by an N-terminal linker domain (LD) that wedges between the seam subunits, thus limiting ATP-dependent symmetry breaking of the AAA+ ring. In contrast, structures of the ATAD2-histone H3/H4 complex show the LD undocked from the seam, suggesting that H3/H4 binding unlocks the AAA+ spiral by allosterically releasing the LD. These findings, together with the discovery of an inter-subunit signaling mechanism, reveal a unique regulatory mechanism for ATAD2 and lay the foundation for developing new ATAD2 inhibitors. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8juz.cif.gz | 590.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8juz.ent.gz | 463.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8juz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8juz_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8juz_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8juz_validation.xml.gz | 95.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8juz_validation.cif.gz | 141.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93690.406 Da / 分子数: 6 / 変異: E532Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6PL18, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / | #3: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ATAD2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 4.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49284 / 対称性のタイプ: POINT |