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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jul | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SIDT1 in complex with phosphatidic acid | ||||||
要素 | SID1 transmembrane family member 1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / SID-1 transmembrane family member 1 / CREST family / phospholipase D / RNA uptake | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA transmembrane transporter activity / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, C.R. / Xu, D. / Li, Q. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Human SIDT1 mediates dsRNA uptake via its phospholipase activity. 著者: Cai-Rong Sun / Da Xu / Fengrui Yang / Zhuanghao Hou / Yuyao Luo / Chen-Yu Zhang / Ge Shan / Guangming Huang / Xuebiao Yao / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jul.cif.gz | 231.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jul.ent.gz | 180.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jul.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jul_validation.pdf.gz | 482.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jul_full_validation.pdf.gz | 504.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8jul_validation.xml.gz | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jul_validation.cif.gz | 41.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8jul ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8jul | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36661MC 8junC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93923.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIDT1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NXL6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of SIDT1 in complex with phosphatidic acid タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16-3549 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 535389 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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