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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jps | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 (Composite map) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / GPCR / SIGNALING PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / monocyte chemotaxis ...CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cytoskeleton organization / response to gamma radiation / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Banerjee, R. / Khanppnavar, B. / Maharana, J. / Saha, S. / Korkhov, V.M. / Shukla, A.K. | |||||||||||||||
資金援助 | インド, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of distinct chemokine engagement and functional divergence of the human Duffy antigen receptor. 著者: Shirsha Saha / Basavraj Khanppnavar / Jagannath Maharana / Heeryung Kim / Carlo Marion C Carino / Carole Daly / Shane Houston / Saloni Sharma / Nashrah Zaidi / Annu Dalal / Sudha Mishra / ...著者: Shirsha Saha / Basavraj Khanppnavar / Jagannath Maharana / Heeryung Kim / Carlo Marion C Carino / Carole Daly / Shane Houston / Saloni Sharma / Nashrah Zaidi / Annu Dalal / Sudha Mishra / Manisankar Ganguly / Divyanshu Tiwari / Poonam Kumari / Gagan Deep Jhingan / Prem N Yadav / Bianca Plouffe / Asuka Inoue / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Volodymyr M Korkhov / Arun K Shukla / 要旨: The Duffy antigen receptor is a seven-transmembrane (7TM) protein expressed primarily at the surface of red blood cells and displays strikingly promiscuous binding to multiple inflammatory and ...The Duffy antigen receptor is a seven-transmembrane (7TM) protein expressed primarily at the surface of red blood cells and displays strikingly promiscuous binding to multiple inflammatory and homeostatic chemokines. It serves as the basis of the Duffy blood group system in humans and also acts as the primary attachment site for malarial parasite Plasmodium vivax and pore-forming toxins secreted by Staphylococcus aureus. Here, we comprehensively profile transducer coupling of this receptor, discover potential non-canonical signaling pathways, and determine the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure in complex with the chemokine CCL7. The structure reveals a distinct binding mode of chemokines, as reflected by relatively superficial binding and a partially formed orthosteric binding pocket. We also observe a dramatic shortening of TM5 and 6 on the intracellular side, which precludes the formation of the docking site for canonical signal transducers, thereby providing a possible explanation for the distinct pharmacological and functional phenotype of this receptor. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jps.cif.gz | 114.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jps.ent.gz | 86.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jps_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jps_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jps_validation.xml.gz | 34.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jps_validation.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/8jps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/8jps | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36488MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28073.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACKR1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q16570 #2: タンパク質 | 分子量: 7594.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL7, MCP3, SCYA6, SCYA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80098 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 25479169 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 308174 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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