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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jo2 | ||||||||||||
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タイトル | Structural basis of transcriptional activation by the OmpR/PhoB-family response regulator PmrA | ||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / PmrA / RNA polymerase / cryo-EM | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() phosphorelay response regulator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...phosphorelay response regulator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å | ||||||||||||
![]() | Lou, Y.-C. / Huang, H.-Y. / Chen, C. / Wu, K.-P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of transcriptional activation by the OmpR/PhoB-family response regulator PmrA. 著者: Yuan-Chao Lou / Hsuan-Yu Huang / Hsin-Hong Yeh / Wei-Hung Chiang / Chinpan Chen / Kuen-Phon Wu / ![]() 要旨: PmrA, an OmpR/PhoB-family response regulator, triggers gene transcription responsible for polymyxin resistance in bacteria by recognizing promoters where the canonical-35 element is replaced by the ...PmrA, an OmpR/PhoB-family response regulator, triggers gene transcription responsible for polymyxin resistance in bacteria by recognizing promoters where the canonical-35 element is replaced by the pmra-box, representing the PmrA recognition sequence. Here, we report a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a bacterial PmrA-dependent transcription activation complex (TAC) containing a PmrA dimer, an RNA polymerase σ70 holoenzyme (RNAPH) and the pbgP promoter DNA. Our structure reveals that the RNAPH mainly contacts the PmrA C-terminal DNA-binding domain (DBD) via electrostatic interactions and reorients the DBD three base pairs upstream of the pmra-box, resulting in a dynamic TAC conformation. In vivo assays show that the substitution of the DNA-recognition residue eliminated its transcriptional activity, while variants with altered RNAPH-interacting residues resulted in enhanced transcriptional activity. Our findings suggest that both PmrA recognition-induced DNA distortion and PmrA promoter escape play crucial roles in its transcriptional activation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 796.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 639 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 130.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 199.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36453MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 12
#1: DNA鎖 | 分子量: 20107.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 20027.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#3: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoC / 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 FHI
#7: タンパク質 | 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoD / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 25477.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: N559_3529 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Structural basis of transcriptional activation by the OmpR/PhoB-family response regulator PmrA タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 57.1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219627 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |