+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jgc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Mi3 fused with LOV2 | ||||||
要素 | LOV domain-containing protein,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / protein cage Scaffold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to blue light / photoreceptor activity / non-specific serine/threonine protein kinase / lyase activity / protein kinase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aegilops tauschii subsp. strangulata (植物) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, H.W. / Kang, W. / Xue, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024 タイトル: Dynamic Metabolons Using Stimuli-Responsive Protein Cages. 著者: Wei Kang / Xiao Ma / Huawei Zhang / Juncai Ma / Chunxue Liu / Jiani Li / Hanhan Guo / Daping Wang / Rui Wang / Bo Li / Chuang Xue / 要旨: Naturally evolved metabolons have the ability to assemble and disassemble in response to environmental stimuli, allowing for the rapid reorganization of chemical reactions in living cells to meet ...Naturally evolved metabolons have the ability to assemble and disassemble in response to environmental stimuli, allowing for the rapid reorganization of chemical reactions in living cells to meet changing cellular needs. However, replicating such capability in synthetic metabolons remains a challenge due to our limited understanding of the mechanisms by which the assembly and disassembly of such naturally occurring multienzyme complexes are controlled. Here, we report the synthesis of chemical- and light-responsive protein cages for assembling synthetic metabolons, enabling the dynamic regulation of enzymatic reactions in living cells. Particularly, a chemically responsive domain was fused to a self-assembled protein cage subunit, generating engineered protein cages capable of displaying proteins containing cognate interaction domains on their surfaces in response to small molecular cues. Chemical-induced colocalization of sequential enzymes on protein cages enhances the specificity of the branched deoxyviolacein biosynthetic reactions by 2.6-fold. Further, by replacing the chemical-inducible domain with a light-inducible dimerization domain, we created an optogenetic protein cage capable of reversibly recruiting and releasing targeted proteins onto and from the exterior of the protein cages in tens of seconds by on-off of blue light. Tethering the optogenetic protein cages to membranes enables the formation of light-switchable, membrane-bound metabolons, which can repeatably recruit-release enzymes, leading to the manipulation of substrate utilization across membranes on demand. Our work demonstrates a powerful and versatile strategy for constructing dynamic metabolons in engineered living cells for efficient and controllable biocatalysis. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jgc.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8jgc.ent.gz | 32.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jgc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 36230MC 8jgaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41424.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aegilops tauschii subsp. strangulata (植物), (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8) (テルモトガ・マリティマ) 遺伝子: TM_0066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A453KFI0, UniProt: Q9WXS1 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: LOV2-Mi3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3951: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85541 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|