+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jbe | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM Structure of metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex | |||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Rab cascade / Rab GTPase / guanine nucleotide exchange factors / autophagy / Cryo-EM | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanyl nucleotide exchange factor inhibitor activity / Mon1-Ccz1 complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / protein targeting to vacuole / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / neuromuscular junction development / synaptic cleft / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...guanyl nucleotide exchange factor inhibitor activity / Mon1-Ccz1 complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / guanyl-nucleotide exchange factor adaptor activity / protein targeting to vacuole / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / neuromuscular junction development / synaptic cleft / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of autophagy / autophagy / late endosome membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Drosophila (ハエ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jia, G.W. / Yong, X. / Su, Z.M. / Jia, D. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM Structure of metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex 著者: Jia, G.W. / Yong, X. / Su, Z.M. / Jia, D. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jbe.cif.gz | 262.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8jbe.ent.gz | 205.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jbe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jbe_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8jbe_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jbe_validation.xml.gz | 55.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jbe_validation.cif.gz | 82.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36143MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72058.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila (ハエ) / 遺伝子: CG8270-RA 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: C0HDN5 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 55589.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila (ハエ) 遺伝子: Ccz1, C7orf28B, Dccz1, Dmel\CG14980, NP_647835, CG14980, Dmel_CG14980 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9VZL5 |
#3: タンパク質 | 分子量: 62338.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila (ハエ) 遺伝子: Mon1, Dmel\CG11926, Dmon1, dMon1, MON1, mon1, Mon1-RA, NP_608868, CG11926, Dmel_CG11926 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9VR38 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CryoEM structure of the metazoan Mon1-Ccz1-RMC1 complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Drosophila (ハエ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111235 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|