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- PDB-8jav: Structure of CRL2APPBP2 bound with the C-degron of MRPL28 (tetramer) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jav
タイトルStructure of CRL2APPBP2 bound with the C-degron of MRPL28 (tetramer)
要素
  • Amyloid protein-binding protein 2
  • Cullin-2
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • MRPL28 C-degron
キーワードPROTEIN BINDING / E3 Ubiquitination ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of beige fat cell differentiation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / target-directed miRNA degradation / protein K27-linked ubiquitination / elongin complex ...negative regulation of beige fat cell differentiation / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / target-directed miRNA degradation / protein K27-linked ubiquitination / elongin complex / positive regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / microtubule motor activity / VCB complex / negative regulation of response to oxidative stress / microtubule associated complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of type I interferon production / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of mitophagy / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Prolactin receptor signaling / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / cullin family protein binding / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / protein monoubiquitination / intracellular transport / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / site of DNA damage / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / signal transduction in response to DNA damage / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of TORC1 signaling / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway / post-translational protein modification / cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / T cell activation / Regulation of BACH1 activity / transcription corepressor binding / Degradation of CRY and PER proteins / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / intracellular protein transport / cellular response to amino acid stimulus / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Degradation of DVL / G1/S transition of mitotic cell cycle / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Hedgehog 'on' state / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / DNA Damage Recognition in GG-NER / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER
類似検索 - 分子機能
Amyloid protein-binding protein 2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily ...Amyloid protein-binding protein 2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Elongin-C / Cullin, N-terminal / Elongin B / Cullin alpha solenoid domain / Cullin / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-2 / Elongin-C / Elongin-B / Amyloid protein-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å
データ登録者Zhao, S. / Zhang, K. / Xu, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for C-degron recognition by CRL2 ubiquitin ligase.
著者: Shidong Zhao / Diana Olmayev-Yaakobov / Wenwen Ru / Shanshan Li / Xinyan Chen / Jiahai Zhang / Xuebiao Yao / Itay Koren / Kaiming Zhang / Chao Xu /
要旨: E3 ubiquitin ligases determine the specificity of eukaryotic protein degradation by selective binding to destabilizing protein motifs, termed degrons, in substrates for ubiquitin-mediated proteolysis. ...E3 ubiquitin ligases determine the specificity of eukaryotic protein degradation by selective binding to destabilizing protein motifs, termed degrons, in substrates for ubiquitin-mediated proteolysis. The exposed C-terminal residues of proteins can act as C-degrons that are recognized by distinct substrate receptors (SRs) as part of dedicated cullin-RING E3 ubiquitin ligase (CRL) complexes. APPBP2, an SR of Cullin 2-RING ligase (CRL2), has been shown to recognize R-x-x-G/C-degron; however, the molecular mechanism of recognition remains elusive. By solving several cryogenic electron microscopy structures of active CRL2 bound with different R-x-x-G/C-degrons, we unveiled the molecular mechanisms underlying the assembly of the CRL2 dimer and tetramer, as well as C-degron recognition. The structural study, complemented by binding experiments and cell-based assays, demonstrates that APPBP2 specifically recognizes the R-x-x-G/C-degron via a bipartite mechanism; arginine and glycine, which play critical roles in C-degron recognition, accommodate distinct pockets that are spaced by two residues. In addition, the binding pocket is deep enough to enable the interaction of APPBP2 with the motif placed at or up to three residues upstream of the C-end. Overall, our study not only provides structural insight into CRL2-mediated protein turnover but also serves as the basis for future structure-based chemical probe design.
履歴
登録2023年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年10月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年7月23日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid protein-binding protein 2
E: Cullin-2
C: Elongin-B
D: Elongin-C
S: MRPL28 C-degron
B: Amyloid protein-binding protein 2
F: MRPL28 C-degron
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: Cullin-2
R: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
J: Amyloid protein-binding protein 2
K: Amyloid protein-binding protein 2
L: Cullin-2
M: Elongin-B
N: Elongin-C
O: MRPL28 C-degron
P: MRPL28 C-degron
Q: Elongin-B
T: Elongin-C
V: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
U: Cullin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)743,80830
ポリマ－743,28522
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 18分子 ABJKEILUCGMQDHNTRV

#1: タンパク質
Amyloid protein-binding protein 2 / Amyloid beta precursor protein-binding protein 2 / APP-BP2 / Protein interacting with APP tail 1


分子量: 66945.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APPBP2, KIAA0228, PAT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92624
#2: タンパク質
Cullin-2 / CUL-2


分子量: 87068.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13617
#3: タンパク質
Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 13147.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#4: タンパク質
Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#6: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / N-terminally processed


分子量: 12289.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62877

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 12分子 SFOP

#5: タンパク質・ペプチド
MRPL28 C-degron


分子量: 1670.864 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CRL2APPBP2 E3 liganse / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 400 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113976 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00440194
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51154245
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1685302
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045942
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0046916

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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