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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ja0 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the NmeCas9-sgRNA-AcrIIC4 ternary complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / a protein complex / VIRAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||
データ登録者 | Yin, H. / Li, Z. / Yu, G.M. / Li, X.Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the NmeCas9-sgRNA-AcrIIC4 ternary complex 著者: Yin, H. / Li, Z. / Yu, G.M. / Li, X.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ja0.cif.gz | 283.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ja0.ent.gz | 216.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ja0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ja0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ja0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ja0_validation.xml.gz | 47.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ja0_validation.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8ja0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8ja0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36123MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 124613.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: cas9, NMV_1993 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C9X1G5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9985.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌) 遺伝子: NCTC10672_00033, NCTC10672_02354 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A377JKY9 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 37367.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: a protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251996 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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