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- PDB-8j8z: Structure of beta-arrestin1 in complex with D6Rpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j8z
タイトルStructure of beta-arrestin1 in complex with D6Rpp
要素
  • Atypical chemokine receptor 2
  • Beta-arrestin-1
  • Fab30 Heavy Chain
  • Fab30 Light Chain
キーワードSYGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN / SYGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / angiotensin receptor binding ...V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / angiotensin receptor binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / chemokine receptor activity / MAP2K and MAPK activation / Ub-specific processing proteases / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-8 production / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / C-C chemokine receptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / scavenger receptor activity / C-C chemokine binding / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / Chemokine receptors bind chemokines / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / response to morphine / mitogen-activated protein kinase kinase binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / clathrin binding / stress fiber assembly / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of receptor internalization / pseudopodium / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / phototransduction / clathrin-coated pit / negative regulation of protein ubiquitination / insulin-like growth factor receptor binding / visual perception / GTPase activator activity / negative regulation of protein phosphorylation / cell chemotaxis / positive regulation of protein ubiquitination / actin filament / nuclear estrogen receptor binding / G protein-coupled receptor binding / phosphoprotein binding / calcium-mediated signaling / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / recycling endosome / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytosis / protein transport / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / regulation of apoptotic process / postsynaptic membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / positive regulation of MAPK cascade / dendritic spine / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic density / early endosome / intracellular signal transduction / endosome / protein ubiquitination / inflammatory response / immune response / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...CXC chemokine receptor 4/atypical chemokine receptor 2 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Chemokine receptor family / Arrestin-like, C-terminal / : / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Atypical chemokine receptor 2 / Beta-arrestin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Maharana, J. / Sarma, P. / Yadav, M.K. / Chami, M. / Banerjee, R. / Shukla, A.K.
資金援助 インド, 4件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/S/20/1/504916 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)CRG/2022/002646 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)SPR/2020/000408 インド
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into atypical modes of β-arrestin interaction with seven transmembrane receptors.
著者: Jagannath Maharana / Fumiya K Sano / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Longhan Duan / Tomasz M Stepniewski / Madhu Chaturvedi / Ashutosh Ranjan / Vinay Singh / Sayantan Saha / Gargi Mahajan ...著者: Jagannath Maharana / Fumiya K Sano / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Longhan Duan / Tomasz M Stepniewski / Madhu Chaturvedi / Ashutosh Ranjan / Vinay Singh / Sayantan Saha / Gargi Mahajan / Mohamed Chami / Wataru Shihoya / Jana Selent / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Osamu Nureki / Arun K Shukla /
要旨: β-arrestins (βarrs) are multifunctional proteins involved in signaling and regulation of seven transmembrane receptors (7TMRs), and their interaction is driven primarily by agonist-induced receptor ...β-arrestins (βarrs) are multifunctional proteins involved in signaling and regulation of seven transmembrane receptors (7TMRs), and their interaction is driven primarily by agonist-induced receptor activation and phosphorylation. Here, we present seven cryo-electron microscopy structures of βarrs either in the basal state, activated by the muscarinic receptor subtype 2 (M2R) through its third intracellular loop, or activated by the βarr-biased decoy D6 receptor (D6R). Combined with biochemical, cellular, and biophysical experiments, these structural snapshots allow the visualization of atypical engagement of βarrs with 7TMRs and also reveal a structural transition in the carboxyl terminus of βarr2 from a β strand to an α helix upon activation by D6R. Our study provides previously unanticipated molecular insights into the structural and functional diversity encoded in 7TMR-βarr complexes with direct implications for exploring novel therapeutic avenues.
履歴
登録2023年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-1
H: Fab30 Heavy Chain
L: Fab30 Light Chain
V: Atypical chemokine receptor 2
B: Beta-arrestin-1
I: Fab30 Heavy Chain
M: Fab30 Light Chain
U: Atypical chemokine receptor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,7778
ポリマ－196,7778
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-1 / Arrestin beta-1


分子量: 47088.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arrb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29066
#2: 抗体 Fab30 Heavy Chain


分子量: 25512.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab30 Light Chain


分子量: 23435.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質・ペプチド Atypical chemokine receptor 2 / C-C chemokine receptor D6 / Chemokine receptor CCR-10 / Chemokine receptor CCR-9 / Chemokine- ...C-C chemokine receptor D6 / Chemokine receptor CCR-10 / Chemokine receptor CCR-9 / Chemokine-binding protein 2 / Chemokine-binding protein D6


分子量: 2352.668 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-terminal tail / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00590
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1beta-arrestin1 in complex with D6RppCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2beta-arrestin-1COMPLEX#11RECOMBINANT
3Fab30 Heavy ChainCOMPLEX#21RECOMBINANT
4Fab30 Light ChainCOMPLEX#31RECOMBINANT
5Phosphopeptide derived from the C-terminal tail of ACKR2 (D6R) receptorCOMPLEX#41SYNTHETIC
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
25
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
24Mus musculus (ハツカネズミ)10090
33Mus musculus (ハツカネズミ)10090
45Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2300 mMSodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 46000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 9698
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
12cryoSPARC3.3.1分類
13cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 5300908
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 369871 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8GO8

8go8


Accession code: 8GO8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0048964
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61412209
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.3391262
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431400
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041547

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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