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万見
- PDB-8j8k: Membrane bound PRTase, C3 symmetry, acceptor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j8k
タイトルMembrane bound PRTase, C3 symmetry, acceptor bound
要素Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / phosphoribose transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase / arabinosyltransferase activity / glycolipid biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / cell wall organization / transferase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prenyltransferase / UbiA prenyltransferase family / UbiA prenyltransferase superfamily / UbiA prenyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE / Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Wu, F.Y. / Gao, S. / Zhang, L. / Rao, Z.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)SRPG22-003 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024
タイトル: Structural analysis of phosphoribosyltransferase-mediated cell wall precursor synthesis in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Shan Gao / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Sarah M Batt / Gurdyal S Besra / Zihe Rao / Lu Zhang /
要旨: In Mycobacterium tuberculosis, Rv3806c is a membrane-bound phosphoribosyltransferase (PRTase) involved in cell wall precursor production. It catalyses pentosyl phosphate transfer from phosphoribosyl ...In Mycobacterium tuberculosis, Rv3806c is a membrane-bound phosphoribosyltransferase (PRTase) involved in cell wall precursor production. It catalyses pentosyl phosphate transfer from phosphoribosyl pyrophosphate to decaprenyl phosphate, to generate 5-phospho-β-ribosyl-1-phosphoryldecaprenol. Despite Rv3806c being an attractive drug target, structural and molecular mechanistic insight into this PRTase is lacking. Here we report cryogenic electron microscopy structures for Rv3806c in the donor- and acceptor-bound states. In a lipidic environment, Rv3806c is trimeric, creating a UbiA-like fold. Each protomer forms two helical bundles, which, alongside the bound lipids, are required for PRTase activity in vitro. Mutational and functional analyses reveal that decaprenyl phosphate and phosphoribosyl pyrophosphate bind the intramembrane and extramembrane cavities of Rv3806c, respectively, in a distinct manner to that of UbiA superfamily enzymes. Our data suggest a model for Rv3806c-catalysed phosphoribose transfer through an inverting mechanism. These findings provide a structural basis for cell wall precursor biosynthesis that could have potential for anti-tuberculosis drug development.
履歴
登録2023年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase
B: Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase
C: Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1536
ポリマ－95,8153
非ポリマー2,3373
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, samples were determined as a trimer in EM, gel filtration, samples were eluted as a trimer in gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase / 5-phospho-alpha-D-ribose-1-diphosphate:decaprenyl-phosphate 5-phosphoribosyltransferase / DPPR synthase


分子量: 31938.473 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: Rv3806c
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: P9WFR5, decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-DSL / MONO-TRANS, OCTA-CIS DECAPRENYL-PHOSPHATE


分子量: 779.165 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H83O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: trimeric phosphoribosyltransferase / タイプ: COMPLEX
詳細: trimeric phosphoribosyltransferase, acceptor bound state
Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.0978 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMHydroxyethylpiperazine Ethane Sulfonic AcidHepes1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: this sample was mono disperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 8894
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4粒子像選択blob picker was used to automatically select particle images
2EPU2.12画像取得automatic selection
4cryoSPARC4CTF補正
10cryoSPARC4初期オイラー角割当
11cryoSPARC4最終オイラー角割当
12cryoSPARC4分類
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3228225
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 272777 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0046630
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5429054
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.476972
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381092
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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