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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j6m | ||||||
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タイトル | SIDT1 protein | ||||||
要素 | Green fluorescent protein,SID1 transmembrane family member 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / transport T1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA transmembrane transporter activity / RNA transport / cholesterol binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J.T. / Jiang, D.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into double-stranded RNA recognition and transport by SID-1. 著者: Jiangtao Zhang / Chunhua Zhan / Junping Fan / Dian Wu / Ruixue Zhang / Di Wu / Xinyao Chen / Ying Lu / Ming Li / Min Lin / Jianke Gong / Daohua Jiang / 要旨: RNA uptake by cells is critical for RNA-mediated gene interference (RNAi) and RNA-based therapeutics. In Caenorhabditis elegans, RNAi is systemic as a result of SID-1-mediated double-stranded RNA ...RNA uptake by cells is critical for RNA-mediated gene interference (RNAi) and RNA-based therapeutics. In Caenorhabditis elegans, RNAi is systemic as a result of SID-1-mediated double-stranded RNA (dsRNA) across cells. Despite the functional importance, the underlying mechanisms of dsRNA internalization by SID-1 remain elusive. Here we describe cryogenic electron microscopy structures of SID-1, SID-1-dsRNA complex and human SID-1 homologs SIDT1 and SIDT2, elucidating the structural basis of dsRNA recognition and import by SID-1. The homodimeric SID-1 homologs share conserved architecture, but only SID-1 possesses the molecular determinants within its extracellular domains for distinguishing dsRNA from single-stranded RNA and DNA. We show that the removal of the long intracellular loop between transmembrane helix 1 and 2 attenuates dsRNA uptake and systemic RNAi in vivo, suggesting a possible endocytic mechanism of SID-1-mediated dsRNA internalization. Our study provides mechanistic insights into dsRNA internalization by SID-1, which may facilitate the development of dsRNA applications based on SID-1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j6m.cif.gz | 289.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j6m.ent.gz | 219 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j6m_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j6m_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8j6m_validation.xml.gz | 50.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j6m_validation.cif.gz | 72.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/8j6m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 124044.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: gfp, SIDT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: Q9NXL6 |
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-非ポリマー , 5種, 15分子
#2: 化合物 | ChemComp-CLR / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145765 / 対称性のタイプ: POINT |