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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j5s | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the pre-catalytic intermediate state | |||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / OppABCD / AMPPNP-Mg / Pre-catalytic intermediate state / Type I ABC importer | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / glutathione binding / peptide transport / protein import / peptide transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / peptide binding / transmembrane transport ...Tolerance by Mtb to nitric oxide produced by macrophages / glutathione binding / peptide transport / protein import / peptide transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / peptide binding / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Yang, X. / Hu, T. / Zhang, B. / Rao, Z. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An oligopeptide permease, OppABCD, requires an iron-sulfur cluster domain for functionality. 著者: Xiaolin Yang / Tianyu Hu / Jingxi Liang / Zhiqi Xiong / Zhenli Lin / Yao Zhao / Xiaoting Zhou / Yan Gao / Shan Sun / Xiuna Yang / Luke W Guddat / Haitao Yang / Zihe Rao / Bing Zhang / ![]() ![]() 要旨: Oligopeptide permease, OppABCD, belongs to the type I ABC transporter family. Its role is to import oligopeptides into bacteria for nutrient uptake and to modulate the host immune response. OppABCD ...Oligopeptide permease, OppABCD, belongs to the type I ABC transporter family. Its role is to import oligopeptides into bacteria for nutrient uptake and to modulate the host immune response. OppABCD consists of a cluster C substrate-binding protein (SBP), OppA, membrane-spanning OppB and OppC subunits, and an ATPase, OppD, that contains two nucleotide-binding domains (NBDs). Here, using cryo-electron microscopy, we determined the high-resolution structures of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the resting state, oligopeptide-bound pre-translocation state, AMPPNP-bound pre-catalytic intermediate state and ATP-bound catalytic intermediate state. The structures show an assembly of a cluster C SBP with its ABC translocator and a functionally required [4Fe-4S] cluster-binding domain in OppD. Moreover, the ATP-bound OppABCD structure has an outward-occluded conformation, although no substrate was observed in the transmembrane cavity. Here, we reveal an oligopeptide recognition and translocation mechanism of OppABCD, which provides a perspective on how this and other type I ABC importers facilitate bulk substrate transfer across the lipid bilayer. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 304 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 241.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 95.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35992MC ![]() 8j5qC ![]() 8j5rC ![]() 8j5tC ![]() 8j5uC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Uncharacterized ... , 2種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 64501.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rv1280c, MTCY50.02 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P9WGU5 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 65342.793 Da / 分子数: 1 / Mutation: E180D,E525D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rv1281c, MTCY50.01 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P9WQJ5 |
-Putative peptide transport permease protein ... , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 35120.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rv1283c, MTCY373.02c 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P9WFZ7 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 31402.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Rv1282c, MTCY373.01c, MTCY3H3.01 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: P9WFZ9 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 E
#5: タンパク質・ペプチド | 分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-SF4 / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis OppABCD in the pre-catalytic intermediate state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169227 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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