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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j0e | ||||||
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タイトル | GK monomer complexes with catalytic intermediate | ||||||
要素 | Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase B | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / L-proline biosynthesis / filamentous enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / pollen development / embryo development ending in seed dormancy / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / plasmodesma / chloroplast ...glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / pollen development / embryo development ending in seed dormancy / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / plasmodesma / chloroplast / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, T. / Guo, C.J. / Liu, J.L. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: GK monomer complexes with catalytic intermediate 著者: Zhang, T. / Guo, C.J. / Liu, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8j0e.cif.gz | 110.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8j0e.ent.gz | 64.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8j0e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8j0e_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8j0e_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8j0e_validation.xml.gz | 25.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8j0e_validation.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/8j0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/8j0e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35900MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78977.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: P5CSB, P5CS2, At3g55610, F1I16_20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: P54888, glutamate 5-kinase, glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-TKC / ( | 分子量: 636.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N6O16P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | ChemComp-MG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Arabidopsis thaliana P5CSB incubated with all substrates. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 292356 / 対称性のタイプ: POINT |