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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iyg | ||||||
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タイトル | Human neuronal gap junction channel connexin 36 | ||||||
要素 | Gap junction delta-2 protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / channel neuronal connexin dodecamer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Electric Transmission Across Gap Junctions / connexin complex / Gap junction assembly / gap junction channel activity / neuronal action potential / visual perception / cell-cell signaling / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 2.69 Å | ||||||
データ登録者 | Mao, W.X. / Chen, S.S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Arch Biochem Biophys / 年: 2024 タイトル: Assembly mechanisms of the neuronal gap junction channel connexin 36 elucidated by Cryo-EM. 著者: Wenxuan Mao / Shanshuang Chen / 要旨: Electrical synapses are essential components of neural circuits. Neuronal signal transduction across electrical synapses is primarily mediated by gap junction channels composed of Connexin36 (Cx36), ...Electrical synapses are essential components of neural circuits. Neuronal signal transduction across electrical synapses is primarily mediated by gap junction channels composed of Connexin36 (Cx36), the lack of which causes impaired electrical coupling between certain neurons including cortical interneurons and thalamic reticular nucleus (TRN) neurons. However, the structural basis underlying Cx36 function and assembly remains elusive. Recently, Lee et al. reported cryo-EM structures of Cx36, thus provided first insights of its gating mechanism. Here, we report a consistent cryo-EM structure of Cx36 determined in parallel, and describe unique interactions underpinning its assembly mechanism in complementary to the competing work. In particular, we found non-canonical electrostatic interactions between protomers from opposing hemichannels and a steric complementary site between adjacent protomers within a hemichannel, which together provide a structural explanation for the assembly specificity in homomeric and heteromeric gap junction channels. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iyg.cif.gz | 531.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iyg.ent.gz | 431.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iyg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8iyg_validation.pdf.gz | 4.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8iyg_full_validation.pdf.gz | 4.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8iyg_validation.xml.gz | 79.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8iyg_validation.cif.gz | 93.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35821MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36135.672 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJD2, GJA9 / 発現宿主: eukaryotic plasmids (その他) / 参照: UniProt: Q9UKL4 #2: 化合物 | ChemComp-Y01 / #3: 糖 | ChemComp-LMT / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human neuronal gap junction channel connexin 36 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.56 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117469 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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