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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iy7 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of DIP-2I8I fibril polymorph1 | ||||||
要素 | GLY-PHI-GLY-ASN-GLY-ASN-GLY-PHI-GLY | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Iodized peptide | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å | ||||||
データ登録者 | Li, D.N. / Ma, Y.Y. / Li, D. / Dai, B. / Liu, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of DIP-2I8I fibril polymorph1 著者: Li, D.N. / Ma, Y.Y. / Li, D. / Dai, B. / Liu, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iy7.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iy7.ent.gz | 34.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iy7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8iy7_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8iy7_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8iy7_validation.xml.gz | 34.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8iy7_validation.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iy7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1077.621 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of DIP-2I8I fibril polymorph1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -1.24 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.83 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13423 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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