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万見
- PDB-8iwo: The rice Na+/H+ antiporter SOS1 in an auto-inhibited state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iwo
タイトルThe rice Na+/H+ antiporter SOS1 in an auto-inhibited state
要素OsSOS1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Na+/H+ antiporter / salt stress / cation:proton antiporter family 1
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / regulation of intracellular pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-46E / Na+/H+ antiporter
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Zhang, X.Y. / Tang, L.H. / Zhang, C.R. / Nie, J.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government2020YFA0509903 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structure and activation mechanism of the rice Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) Na/H antiporter.
著者: Xiang-Yun Zhang / Ling-Hui Tang / Jia-Wei Nie / Chun-Rui Zhang / Xiaonan Han / Qi-Yu Li / Li Qin / Mei-Hua Wang / Xiahe Huang / Feifei Yu / Min Su / Yingchun Wang / Rui-Ming Xu / Yan Guo / Qi ...著者: Xiang-Yun Zhang / Ling-Hui Tang / Jia-Wei Nie / Chun-Rui Zhang / Xiaonan Han / Qi-Yu Li / Li Qin / Mei-Hua Wang / Xiahe Huang / Feifei Yu / Min Su / Yingchun Wang / Rui-Ming Xu / Yan Guo / Qi Xie / Yu-Hang Chen /
要旨: Salinity is one of the most severe abiotic stresses that adversely affect plant growth and agricultural productivity. The plant Na/H antiporter Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) located in the plasma ...Salinity is one of the most severe abiotic stresses that adversely affect plant growth and agricultural productivity. The plant Na/H antiporter Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) located in the plasma membrane extrudes excess Na out of cells in response to salt stress and confers salt tolerance. However, the molecular mechanism underlying SOS1 activation remains largely elusive. Here we elucidate two cryo-electron microscopy structures of rice (Oryza sativa) SOS1, a full-length protein in an auto-inhibited state and a truncated version in an active state. The SOS1 forms a dimeric architecture, with an NhaA-folded transmembrane domain portion in the membrane and an elongated cytosolic portion of multiple regulatory domains in the cytoplasm. The structural comparison shows that SOS1 adopts an elevator transport mechanism accompanied by a conformational transition of the highly conserved Pro in the unwound transmembrane helix 5 (TM), switching from an occluded conformation in the auto-inhibited state to a conducting conformation in the active state. These findings allow us to propose an inhibition-release mechanism for SOS1 activation and elucidate how SOS1 controls Na homeostasis in response to salt stress.
履歴
登録2023年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OsSOS1
B: OsSOS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,4014
ポリマ－256,1292
非ポリマー1,2722
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 OsSOS1


分子量: 128064.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: SOS1 / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q5ICN3
#2: 化合物 ChemComp-46E / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate / DMPE


分子量: 635.853 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H66NO8P
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SOS1 from Oryza Sativa / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)
由来(組換発現)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 6.5
試料濃度: 2.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3689: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC3.2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138460 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00215428
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.37120902
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.0082116
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0342452
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032594

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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