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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ipa | ||||||
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タイトル | Wheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently with cycloheximide | ||||||
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![]() | TRANSLATION / ribosome | ||||||
機能・相同性 | ![]() translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Yokoyama, T. / Tanaka, M. / Saito, H. / Nishimoto, M. / Tsuda, K. / Sotta, N. / Shigematsu, H. / Shirouzu, M. / Iwasaki, S. / Ito, T. / Fujiwara, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Boric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF1. 著者: Mayuki Tanaka / Takeshi Yokoyama / Hironori Saito / Madoka Nishimoto / Kengo Tsuda / Naoyuki Sotta / Hideki Shigematsu / Mikako Shirouzu / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito / Toru Fujiwara / ![]() 要旨: In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is ...In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is downregulated in response to an excess amount of boric acid in the environment through upstream open reading frames (uORFs) that consist of only AUG and stop codons. However, the molecular details of how this minimum uORF controls translation of the downstream main ORF in a boric acid-dependent manner have remained unclear. Here, by combining ribosome profiling, translation complex profile sequencing, structural analysis with cryo-electron microscopy and biochemical assays, we show that the 80S ribosome assembled at AUG-stop migrates into the subsequent RNA segment, followed by downstream translation initiation, and that boric acid impedes this process by the stable confinement of eukaryotic release factor 1 on the 80S ribosome on AUG-stop. Our results provide molecular insight into translation regulation by a minimum and environment-responsive uORF. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 342.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 589.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 aaRBSBTBalcl
#1: RNA鎖 | 分子量: 583613.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#75: RNA鎖 | 分子量: 1095659.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#76: RNA鎖 | 分子量: 51535.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#77: RNA鎖 | 分子量: 38716.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#78: RNA鎖 | 分子量: 2229.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#80: RNA鎖 | 分子量: 24446.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 bacadagaiajakalamanaoapaqarasatauavawaxayazabbcbdbebfbgbhbibAA
-タンパク質 , 2種, 2分子 habl
#6: タンパク質 | 分子量: 36200.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#79: タンパク質 | 分子量: 49051.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 41種, 41分子 BACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAABBBCBDBEB...
-非ポリマー , 3種, 289分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3HE.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3HE.gif)
#81: 化合物 | ChemComp-MG / #82: 化合物 | ChemComp-ZN / #83: 化合物 | ChemComp-3HE / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Wheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently with cycloheximide タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#80 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 23500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69380 / 対称性のタイプ: POINT |