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万見
- PDB-8ip9: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ip9
タイトルWheat 40S ribosome in complex with a tRNAi
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • 18S ribosomal RNA
  • 60S ribosomal protein eL41
  • RACK1
  • mRNA
  • tRNAi
キーワードTRANSLATION / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal ...: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / : / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8c / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S8 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8c / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S29 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / Small ribosomal subunit protein eS32 / 40S ribosomal protein S7 / Cytoplasmatic ribosomal protein S13 / S28 ribosomal protein / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / Putative ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S20 / Uncharacterized protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7c / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S25 / 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S27
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
Oryza sativa (イネ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yokoyama, T. / Tanaka, M. / Saito, H. / Nishimoto, M. / Tsuda, K. / Sotta, N. / Shigematsu, H. / Shirouzu, M. / Iwasaki, S. / Ito, T. / Fujiwara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05637 日本
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Boric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF1.
著者: Mayuki Tanaka / Takeshi Yokoyama / Hironori Saito / Madoka Nishimoto / Kengo Tsuda / Naoyuki Sotta / Hideki Shigematsu / Mikako Shirouzu / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito / Toru Fujiwara /
要旨: In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is ...In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is downregulated in response to an excess amount of boric acid in the environment through upstream open reading frames (uORFs) that consist of only AUG and stop codons. However, the molecular details of how this minimum uORF controls translation of the downstream main ORF in a boric acid-dependent manner have remained unclear. Here, by combining ribosome profiling, translation complex profile sequencing, structural analysis with cryo-electron microscopy and biochemical assays, we show that the 80S ribosome assembled at AUG-stop migrates into the subsequent RNA segment, followed by downstream translation initiation, and that boric acid impedes this process by the stable confinement of eukaryotic release factor 1 on the 80S ribosome on AUG-stop. Our results provide molecular insight into translation regulation by a minimum and environment-responsive uORF.
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
aa: 18S ribosomal RNA
ba: 40S ribosomal protein eS24
ca: 40S ribosomal protein eS8
da: 40S ribosomal protein eS10
ga: 40S ribosomal protein S23
ha: RACK1
ia: 40S ribosomal protein uS3
ja: 40S ribosomal protein eS4
ka: 40S ribosomal protein uS7
la: 40S ribosomal protein uS9
ma: 40S ribosomal protein uS10
na: 40S ribosomal protein uS11
oa: 40S ribosomal protein uS13
pa: 40S ribosomal protein uS15
qa: 40S ribosomal protein eS17
ra: 40S ribosomal protein eS19
sa: 40S ribosomal protein uS19
ta: 40S ribosomal protein eS25
ua: 40S ribosomal protein eS28
va: 40S ribosomal protein uS8
wa: 40S ribosomal protein uS14
xa: 40S ribosomal protein eS27
ya: 40S ribosomal protein eS30
za: 40S ribosomal protein uS2
bb: 40S ribosomal protein eS1
cb: 40S ribosomal protein eS21
db: 40S ribosomal protein eS26
eb: 40S ribosomal protein uS4
fb: 40S ribosomal protein uS5
gb: 40S ribosomal protein eS6
hb: 40S ribosomal protein eS7
ib: 40S ribosomal protein uS17
IB: 60S ribosomal protein eL41
al: mRNA
cl: tRNAi
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,210,386121
ポリマ－1,208,21435
非ポリマー2,17286
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 aaalcl

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 583613.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: 2123606567
#34: RNA鎖 mRNA


分子量: 2229.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#35: RNA鎖 tRNAi


分子量: 24446.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 bacadagaiajakalamanaoapaqarasatauavawaxayazabbcbdbebfbgbhbib

#2: タンパク質 40S ribosomal protein eS24 / 40S ribosomal protein S24


分子量: 15739.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6PK86
#3: タンパク質 40S ribosomal protein eS8 / 40S ribosomal protein S8


分子量: 25341.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6AYT7
#4: タンパク質 40S ribosomal protein eS10 / Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein


分子量: 20463.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5AUH7
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15696.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FV77
#7: タンパク質 40S ribosomal protein uS3 / Putative 40S ribosomal protein S3


分子量: 25413.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L804
#8: タンパク質 40S ribosomal protein eS4 / 40S ribosomal protein S4


分子量: 30008.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5SLI4
#9: タンパク質 40S ribosomal protein uS7 / Ribosomal protein S7 domain-containing protein


分子量: 22350.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D067
#10: タンパク質 40S ribosomal protein uS9 / 40S ribosomal protein S16


分子量: 16870.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6HX49
#11: タンパク質 40S ribosomal protein uS10 / Ribosomal protein S20


分子量: 14128.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: U5HTD8
#12: タンパク質 40S ribosomal protein uS11 / 40S ribosomal protein S14


分子量: 16398.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6SS17
#13: タンパク質 40S ribosomal protein uS13 / Putative ribosomal protein S18


分子量: 17702.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L806
#14: タンパク質 40S ribosomal protein uS15 / Cytoplasmatic ribosomal protein S13


分子量: 17102.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5XUU9
#15: タンパク質 40S ribosomal protein eS17


分子量: 16523.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5YWZ3
#16: タンパク質 40S ribosomal protein eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 17097.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FWF5
#17: タンパク質 40S ribosomal protein uS19 / Genome assembly / chromosome: II


分子量: 17424.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5ASA4
#18: タンパク質 40S ribosomal protein eS25 / 40S ribosomal protein S25


分子量: 12094.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5EP45
#19: タンパク質 40S ribosomal protein eS28 / S28 ribosomal protein


分子量: 9815.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7X9K4
#20: タンパク質 40S ribosomal protein uS8 / 30S ribosomal protein S8 / chloroplastic


分子量: 14924.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A077RZD1
#21: タンパク質 40S ribosomal protein uS14 / 40S ribosomal protein S29


分子量: 6391.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LU46
#22: タンパク質 40S ribosomal protein eS27 / 40S ribosomal protein S27


分子量: 9583.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5HZ68
#23: タンパク質 40S ribosomal protein eS30 / 40S ribosomal protein S30


分子量: 6934.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6S9M7
#24: タンパク質 40S ribosomal protein uS2 / 40S ribosomal protein SA


分子量: 33300.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5E2W7
#25: タンパク質 40S ribosomal protein eS1 / 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30043.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6IU74
#26: タンパク質 40S ribosomal protein eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9194.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5EL62
#27: タンパク質 40S ribosomal protein eS26 / 40S ribosomal protein S26


分子量: 16576.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LWE1
#28: タンパク質 40S ribosomal protein uS4 / 30S ribosomal protein S4 / chloroplastic


分子量: 22534.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FPA7
#29: タンパク質 40S ribosomal protein uS5 / S5 DRBM domain-containing protein


分子量: 29995.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LVN2
#30: タンパク質 40S ribosomal protein eS6 / 40S ribosomal protein S6


分子量: 28488.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A2X0SLI3
#31: タンパク質 40S ribosomal protein eS7 / 40S ribosomal protein S7


分子量: 22297.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K2
#32: タンパク質 40S ribosomal protein uS17 / 40S ribosomal protein S11 N-terminal domain-containing protein


分子量: 17841.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5BFB7

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 haIB

#33: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein eL41 / 60S ribosomal protein L41


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa (イネ) / 参照: UniProt: P62125
#6: タンパク質 RACK1 / Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein


分子量: 36200.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D4F5

-
非ポリマー , 2種, 86分子

#36: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Wheat 40S ribosome in complex with a tRNAi / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41361 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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