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- PDB-8ip8: Wheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ip8
タイトルWheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 41
  • 18S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S ribosomal RNA
  • CCA end of E-tRNA
  • RACK1
  • eukaryotic release factor 1
  • mRNA
  • tRNAi
キーワードTRANSLATION / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...translation release factor complex / cytoplasmic translational termination / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / protein kinase C binding / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 / eRF1_1 ...Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / : / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8c / Ribosomal protein L35A / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S4 / Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8c / Ribosomal protein L35A / 60S ribosomal protein L29 / 40S ribosomal protein S4 / Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein / 60S ribosomal protein L38 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L11 / 40S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL4 C-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L22 / Ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL14 domain-containing protein / Uncharacterized protein / KOW domain-containing protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S29 / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S26 / 60S ribosomal protein L13 / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L34 / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L32 / 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / 60S ribosomal protein L37a, expressed / 60S ribosomal protein L21 / Putative eukaryotic peptide chain release factor subunit 1-3 / 60S ribosomal protein L39 / Small ribosomal subunit protein eS32 / 40S ribosomal protein S7 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L13a / 60S ribosomal protein L36 / Cytoplasmatic ribosomal protein S13 / Ribosomal protein L3 / S28 ribosomal protein / 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL29 / Putative ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein eL8/eL30/eS12/Gadd45 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein / TRASH domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7c / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L18a / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein uL2 C-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S25 / Ribosomal protein L15 / 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L31 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
Oryza sativa (イネ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yokoyama, T. / Tanaka, M. / Saito, H. / Nishimoto, M. / Tsuda, K. / Sotta, N. / Shigematsu, H. / Shirouzu, M. / Iwasaki, S. / Ito, T. / Fujiwara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05637 日本
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Boric acid intercepts 80S ribosome migration from AUG-stop by stabilizing eRF1.
著者: Mayuki Tanaka / Takeshi Yokoyama / Hironori Saito / Madoka Nishimoto / Kengo Tsuda / Naoyuki Sotta / Hideki Shigematsu / Mikako Shirouzu / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito / Toru Fujiwara /
要旨: In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is ...In response to environmental changes, cells flexibly and rapidly alter gene expression through translational controls. In plants, the translation of NIP5;1, a boric acid diffusion facilitator, is downregulated in response to an excess amount of boric acid in the environment through upstream open reading frames (uORFs) that consist of only AUG and stop codons. However, the molecular details of how this minimum uORF controls translation of the downstream main ORF in a boric acid-dependent manner have remained unclear. Here, by combining ribosome profiling, translation complex profile sequencing, structural analysis with cryo-electron microscopy and biochemical assays, we show that the 80S ribosome assembled at AUG-stop migrates into the subsequent RNA segment, followed by downstream translation initiation, and that boric acid impedes this process by the stable confinement of eukaryotic release factor 1 on the 80S ribosome on AUG-stop. Our results provide molecular insight into translation regulation by a minimum and environment-responsive uORF.
履歴
登録2023年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
aa: 18S ribosomal RNA
ba: 40S ribosomal protein eS24
ca: 40S ribosomal protein eS8
da: 40S ribosomal protein eS10
ga: 40S ribosomal protein uS12
ha: RACK1
ia: 40S ribosomal protein uS3
ja: 40S ribosomal protein eS4
ka: 40S ribosomal protein uS7
la: 40S ribosomal protein uS9
ma: 40S ribosomal protein uS10
na: 40S ribosomal protein uS11
oa: 40S ribosomal protein uS13
pa: 40S ribosomal protein uS15
qa: 40S ribosomal protein eS17
ra: 40S ribosomal protein eS19
sa: 40S ribosomal protein uS19
ta: 40S ribosomal protein eS25
ua: 40S ribosomal protein eS28
va: 40S ribosomal protein uS8
wa: 40S ribosomal protein uS14
xa: 40S ribosomal protein eS27
ya: 40S ribosomal protein eS30
za: 40S ribosomal protein uS2
bb: 40S ribosomal protein eS1
cb: 40S ribosomal protein eS21
db: 40S ribosomal protein eS26
eb: 40S ribosomal protein uS4
fb: 40S ribosomal protein uS5
gb: 40S ribosomal protein eS6
hb: 40S ribosomal protein eS7
ib: 40S ribosomal protein uS17
AA: 40S ribosomal protein eL8
BA: 60S ribosomal protein eL21
CA: 60S ribosomal protein eL27
DA: 60S ribosomal protein uL2
EA: 60S ribosomal protein uL5
FA: 60S ribosomal protein uL6
GA: 60S ribosomal protein uL14
HA: 60S ribosomal protein eL15
IA: 60S ribosomal protein uL15
JA: 60S ribosomal protein eL18
KA: 60S ribosomal protein uL18
LA: 60S ribosomal protein eL19
MA: 60S ribosomal protein uL22
NA: 60S ribosomal protein uL23
OA: 60S ribosomal protein eL24
PA: 60S ribosomal protein uL24
QA: 60S ribosomal protein eL28
RA: 60S ribosomal protein eL30
SA: 60S ribosomal protein eL31
TA: 60S ribosomal protein eL32
UA: 60S ribosomal protein eL37
VA: 60S ribosomal protein eL39
WA: 60S ribosomal protein eL42
XA: 60S ribosomal protein eL14
YA: 60S ribosomal protein eL20
ZA: 60S ribosomal protein eL22
AB: 60S ribosomal protein eL36
BB: 60S ribosomal protein uL29
CB: 60S ribosomal protein uL30
DB: 60S ribosomal protein uL3
EB: 60S ribosomal protein uL4
FB: 60S ribosomal protein uL13
GB: 60S ribosomal protein eL43
HB: 60S ribosomal protein uL16
IB: 60S ribosomal protein eL41
JB: 60S ribosomal protein eL40
KB: 60S ribosomal protein eL13
LB: 60S ribosomal protein eL6
MB: 60S ribosomal protein eL33
NB: 60S ribosomal protein eL38
OB: 60S ribosomal protein eL29
PB: 60S ribosomal protein eL34
RB: 60S ribosomal RNA
SB: 5.8S ribosomal RNA
TB: 5S ribosomal RNA
al: mRNA
bl: eukaryotic release factor 1
cl: tRNAi
dl: CCA end of E-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,244,620392
ポリマ－3,236,89781
非ポリマー7,723311
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 aaRBSBTBalcldl

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 583613.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: GenBank: 2123606567
#75: RNA鎖 60S ribosomal RNA


分子量: 1095659.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#76: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 51535.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#77: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38716.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#78: RNA鎖 mRNA


分子量: 2229.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#80: RNA鎖 tRNAi


分子量: 24446.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)
#81: RNA鎖 CCA end of E-tRNA


分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ)

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 bacadagaiajakalamanaoapaqarasatauavawaxayazabbcbdbebfbgbhbibAA

#2: タンパク質 40S ribosomal protein eS24


分子量: 15739.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6PK86
#3: タンパク質 40S ribosomal protein eS8


分子量: 25341.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6AYT7
#4: タンパク質 40S ribosomal protein eS10 / 40S ribosomal protein eS10


分子量: 20463.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5AUH7
#5: タンパク質 40S ribosomal protein uS12 / 40S ribosomal protein uS12


分子量: 15696.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FV77
#7: タンパク質 40S ribosomal protein uS3


分子量: 25413.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L804
#8: タンパク質 40S ribosomal protein eS4


分子量: 30008.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5SLI4
#9: タンパク質 40S ribosomal protein uS7


分子量: 22350.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D067
#10: タンパク質 40S ribosomal protein uS9


分子量: 16870.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6HX49
#11: タンパク質 40S ribosomal protein uS10


分子量: 14128.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: U5HTD8
#12: タンパク質 40S ribosomal protein uS11 / 40S ribosomal protein uS11


分子量: 16398.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6SS17
#13: タンパク質 40S ribosomal protein uS13 / 40S ribosomal protein uS13


分子量: 17702.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L806
#14: タンパク質 40S ribosomal protein uS15


分子量: 17102.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5XUU9
#15: タンパク質 40S ribosomal protein eS17


分子量: 16523.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5YWZ3
#16: タンパク質 40S ribosomal protein eS19


分子量: 17097.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FWF5
#17: タンパク質 40S ribosomal protein uS19


分子量: 17424.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5ASA4
#18: タンパク質 40S ribosomal protein eS25


分子量: 12094.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5EP45
#19: タンパク質 40S ribosomal protein eS28


分子量: 9815.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7X9K4
#20: タンパク質 40S ribosomal protein uS8


分子量: 14924.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A077RZD1
#21: タンパク質 40S ribosomal protein uS14


分子量: 6391.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LU46
#22: タンパク質 40S ribosomal protein eS27


分子量: 9583.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5HZ68
#23: タンパク質 40S ribosomal protein eS30


分子量: 6934.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6S9M7
#24: タンパク質 40S ribosomal protein uS2


分子量: 33300.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5E2W7
#25: タンパク質 40S ribosomal protein eS1


分子量: 30043.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6IU74
#26: タンパク質 40S ribosomal protein eS21


分子量: 9194.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5EL62
#27: タンパク質 40S ribosomal protein eS26


分子量: 16576.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LWE1
#28: タンパク質 40S ribosomal protein uS4


分子量: 22534.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FPA7
#29: タンパク質 40S ribosomal protein uS5


分子量: 29995.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6LVN2
#30: タンパク質 40S ribosomal protein eS6


分子量: 28488.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A2X0SLI3
#31: タンパク質 40S ribosomal protein eS7


分子量: 22297.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K2
#32: タンパク質 40S ribosomal protein uS17


分子量: 17841.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5BFB7
#33: タンパク質 40S ribosomal protein eL8


分子量: 29407.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6RED0

-
タンパク質 , 2種, 2分子 habl

#6: タンパク質 RACK1 / RACK1


分子量: 36200.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D4F5
#79: タンパク質 eukaryotic release factor 1


分子量: 49051.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: I3NM28

+
60S ribosomal protein ... , 41種, 41分子 BACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAABBBCBDBEB...

#34: タンパク質 60S ribosomal protein eL21


分子量: 18719.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: F4YWL9
#35: タンパク質 60S ribosomal protein eL27


分子量: 15615.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A341XZK6
#36: タンパク質 60S ribosomal protein uL2


分子量: 28251.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5ECL2
#37: タンパク質 60S ribosomal protein uL5


分子量: 20725.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5XX39
#38: タンパク質 60S ribosomal protein uL6


分子量: 21329.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5I5G5
#39: タンパク質 60S ribosomal protein uL14


分子量: 15040.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7K4
#40: タンパク質 60S ribosomal protein eL15


分子量: 24488.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FEX7
#41: タンパク質 60S ribosomal protein uL15


分子量: 16054.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6DCS5
#42: タンパク質 60S ribosomal protein eL18


分子量: 21292.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6ATQ1
#43: タンパク質 60S ribosomal protein uL18


分子量: 34486.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5BZZ2
#44: タンパク質 60S ribosomal protein eL19


分子量: 24692.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6DA12
#45: タンパク質 60S ribosomal protein uL22


分子量: 19525.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5FSM8
#46: タンパク質 60S ribosomal protein uL23


分子量: 16920.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5UQZ5
#47: タンパク質 60S ribosomal protein eL24


分子量: 18450.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5CDW4
#48: タンパク質 60S ribosomal protein uL24


分子量: 17585.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6GQI2
#49: タンパク質 60S ribosomal protein eL28


分子量: 16607.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5ZZN9
#50: タンパク質 60S ribosomal protein eL30


分子量: 12372.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W4ZRU3
#51: タンパク質 60S ribosomal protein eL31


分子量: 14152.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5G990
#52: タンパク質 60S ribosomal protein eL32


分子量: 15737.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6SDD9
#53: タンパク質 60S ribosomal protein eL37


分子量: 10765.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D6BC85
#54: タンパク質 60S ribosomal protein eL39


分子量: 9439.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: M7ZU91
#55: タンパク質 60S ribosomal protein eL42


分子量: 12139.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5HX73
#56: タンパク質 60S ribosomal protein eL14


分子量: 15490.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6DGT8
#57: タンパク質 60S ribosomal protein eL20


分子量: 21380.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: W5D7B8
#58: タンパク質 60S ribosomal protein eL22


分子量: 14503.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6C0D4
#59: タンパク質 60S ribosomal protein eL36


分子量: 12563.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L5
#60: タンパク質 60S ribosomal protein uL29


分子量: 14401.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8L805
#61: タンパク質 60S ribosomal protein uL30


分子量: 28161.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6DM38
#62: タンパク質 60S ribosomal protein uL3


分子量: 44722.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q7X748
#63: タンパク質 60S ribosomal protein uL4


分子量: 44285.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B5ZXX7
#64: タンパク質 60S ribosomal protein uL13


分子量: 23581.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q5I7L1
#65: タンパク質 60S ribosomal protein eL43


分子量: 10266.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: D8L9P6
#66: タンパク質 60S ribosomal protein uL16


分子量: 24516.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6HUM3
#67: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein eL41


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa (イネ) / 参照: UniProt: P62125
#68: タンパク質 60S ribosomal protein eL40


分子量: 14828.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5XNC2
#69: タンパク質 60S ribosomal protein eL13


分子量: 24185.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6NJZ9
#70: タンパク質 60S ribosomal protein eL6


分子量: 24575.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6QGW3
#71: タンパク質 60S ribosomal protein eL33


分子量: 12704.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A0C4BK99
#72: タンパク質 60S ribosomal protein eL38


分子量: 8067.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: The sequence refer to database XP_044323325.1 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5W6Q2
#73: タンパク質 60S ribosomal protein eL29


分子量: 6994.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A1D5RRD3
#74: タンパク質 60S ribosomal protein eL34


分子量: 13798.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: A0A3B6RFY8

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非ポリマー , 2種, 311分子

#82: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#83: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Wheat 80S ribosome stalled on AUG-Stop boron dependently
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#81 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Triticum aestivum (コムギ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96104 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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