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- PDB-8iog: Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iog
タイトルCryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 8
  • Complex III subunit 9
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
キーワードELECTRON TRANSPORT / Complex / mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / thalamus development / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / midbrain development / hippocampus development / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / proteolysis / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial ...CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Cytochrome b / Complex III subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Wang, Y.X. / Dong, J.Q. / Yang, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state
著者: Wang, Y.X. / Dong, J.Q. / Yang, G.F.
履歴
登録2023年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
C: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
D: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
F: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
I: Complex III subunit 9
J: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
K: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
a: Cytochrome b
b: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
c: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
d: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
e: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
f: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
g: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
h: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
i: Complex III subunit 9
j: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
k: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)522,99935
ポリマ－513,78422
非ポリマー9,21513
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 AaBbIi

#1: タンパク質 Cytochrome b / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42840.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MT-CYB, COB, CYTB, MTCYB / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P24964
#2: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial


分子量: 35488.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100525869 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UNI7
#9: タンパク質 Complex III subunit 9


分子量: 7412.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: UQCR10 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2EN79

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Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 16分子 CcDdEeFfGgHhJjKk

#3: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 21610.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100522678 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TWD8, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial


分子量: 52756.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100156879 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0PK14
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial


分子量: 48264.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1V0F2
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6


分子量: 10685.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: UQCRH, LOC100524873 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S3W0
#7: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13587.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: UQCRB / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1U2M7
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Complex III subunit 8


分子量: 9784.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: UQCRQ, LOC100524308 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UYT9
#10: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10


分子量: 6560.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100524239 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTU3
#11: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 7900.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated: Chain C/c and Chain K/k are truly from one polypeptide, and the polypeptide will be cleaved into two chains upon maturation.
由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100522678 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TWD8, quinol-cytochrome-c reductase

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非ポリマー , 5種, 13分子

#12: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#15: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#16: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: porcine Cytochrome bc1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS, 0.1% DDM
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 49.21 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 701

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 191014
3次元再構成解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98300 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5GUP

5gup


Accession code: 5GUP / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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