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- PDB-8imx: Cryo-EM structure of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8imx
タイトルCryo-EM structure of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein
要素
  • (GPI transamidase component PIG- ...) x 2
  • GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
  • Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
  • Met-Ser-Ser peptide
  • Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
  • UL16-binding protein 2,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cryo-EM / glycosylphosphatidylinositol / GPI / GPI anchored protein / GPI-AP / membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI anchored protein biosynthesis / GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / GPI anchor binding / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins ...GPI anchored protein biosynthesis / GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / GPI anchor binding / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / natural killer cell lectin-like receptor binding / natural killer cell activation / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / neuron differentiation / neuron apoptotic process / cytoplasmic vesicle / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / : / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPI-anchor transamidase / GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component Gaa1 / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Gpi16 subunit, GPI transamidase component / Gaa1-like, GPI transamidase component / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Peptidase C13, legumain ...GPI-anchor transamidase / GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component Gaa1 / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Gpi16 subunit, GPI transamidase component / Gaa1-like, GPI transamidase component / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-05E / Chem-6OU / Chem-80T / Chem-80Y / Chem-81Q / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / GPI-anchor transamidase component GPAA1 / GPI-anchor transamidase ...Chem-05E / Chem-6OU / Chem-80T / Chem-80Y / Chem-81Q / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / GPI-anchor transamidase component GPAA1 / GPI-anchor transamidase / GPI-anchor transamidase component PIGT / GPI-anchor transamidase component PIGS / UL16-binding protein 2 / GPI-anchor transamidase component PIGU / GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clavularia sp. (無脊椎動物)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Xu, Y. / Li, T. / Qu, Q. / Li, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82151215 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of liganded glycosylphosphatidylinositol transamidase illuminate GPI-AP biogenesis.
著者: Yidan Xu / Tingting Li / Zixuan Zhou / Jingjing Hong / Yulin Chao / Zhini Zhu / Ying Zhang / Qianhui Qu / Dianfan Li /
要旨: Many eukaryotic receptors and enzymes rely on glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors for membrane localization and function. The transmembrane complex GPI-T recognizes diverse proproteins at a ...Many eukaryotic receptors and enzymes rely on glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors for membrane localization and function. The transmembrane complex GPI-T recognizes diverse proproteins at a signal peptide region that lacks consensus sequence and replaces it with GPI via a transamidation reaction. How GPI-T maintains broad specificity while preventing unintentional cleavage is unclear. Here, substrates- and products-bound human GPI-T structures identify subsite features that enable broad proprotein specificity, inform catalytic mechanism, and reveal a multilevel safeguard mechanism against its promiscuity. In the absence of proproteins, the catalytic site is invaded by a locally stabilized loop. Activation requires energetically unfavorable rearrangements that transform the autoinhibitory loop into crucial catalytic cleft elements. Enzyme-proprotein binding in the transmembrane and luminal domains respectively powers the conformational rearrangement and induces a competent cleft. GPI-T thus integrates various weak specificity regions to form strong selectivity and prevent accidental activation. These findings provide important mechanistic insights into GPI-anchored protein biogenesis.
履歴
登録2023年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年8月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年8月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: UL16-binding protein 2,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
G: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
K: GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
S: GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
T: GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
U: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
P: Met-Ser-Ser peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)483,82637
ポリマ－468,1007
非ポリマー15,72630
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 DGKU

#1: タンパク質 UL16-binding protein 2,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / ALCAN-alpha / NKG2D ligand 2 / N2DL-2 / NKG2DL2 / Retinoic acid early transcript 1H


分子量: 35573.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A chimera proprotein containing the N- and C-terminal signal peptide of ULBP2, and a thermostable green fluorescence protein replacing the main part of ULBP2.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: ULBP2, N2DL2, RAET1H, UNQ463/PRO791 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZM5, UniProt: Q9U6Y3
#2: タンパク質 Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / GPI anchor attachment protein 1 / GAA1 protein homolog / hGAA1


分子量: 96990.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: GPAA1, GAA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43292, UniProt: Q9U6Y3
#3: タンパク質 GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / GPI transamidase / GPI8 homolog / hGPI8 / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class K protein / PIG-K


分子量: 73443.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: PIGK, GPI8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q92643, UniProt: Q9U6Y3, 加水分解酵素
#6: タンパク質 Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / Cell division cycle protein 91-like 1 / Protein CDC91-like 1 / GPI transamidase component PIG-U


分子量: 77141.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: PIGU, CDC91L1, PSEC0205, UNQ3055/PRO9875 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H490, UniProt: Q9U6Y3

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GPI transamidase component PIG- ... , 2種, 2分子 ST

#4: タンパク質 GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein


分子量: 90421.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: PIGS, UNQ1873/PRO4316 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96S52, UniProt: Q9U6Y3
#5: タンパク質 GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class T protein


分子量: 94207.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物)
遺伝子: PIGT, CGI-06, PSEC0163, UNQ716/PRO1379 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969N2, UniProt: Q9U6Y3

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#7: タンパク質・ペプチド Met-Ser-Ser peptide


分子量: 323.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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糖 , 3種, 4分子

#8: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#14: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#18: 糖 ChemComp-PA1 / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / alpah-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 10種, 26分子

#9: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE


分子量: 486.726 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 化合物
ChemComp-6OU / [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate


分子量: 717.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物 ChemComp-AJP / Digitonin


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / コメント: 可溶化剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#15: 化合物 ChemComp-LBN / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / (2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-80T / [(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate


分子量: 1405.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C77H146O17P2
#17: 化合物 ChemComp-80Y / 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 303.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物 ChemComp-05E / 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate


分子量: 303.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18NO9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-81Q / [(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate


分子量: 1111.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C63H115O13P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 469 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
詳細: 0.1 % Digitonin, 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.15 MSodium chlorideNaCl1
20.1 % (w/v)DigitoninDigitonin1
30.05 MTris(hydroxymethyl)aminomethaneTris1
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.2.0粒子像選択
2EPUv3.0.0.4164REL画像取得
4CTFFINDv4.0CTF補正
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARCv4.2.0初期オイラー角割当
11cryoSPARCv4.2.0最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3170202
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34261 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00420414
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58327900
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.8933473
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0413295
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0073370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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