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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8imm | |||||||||
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タイトル | Rs2'I-Rs2'II, Rs1'I-Rs1'II, Rb'I-Rb'II cylinder in cyanobacterial phycobilisome from Anthocerotibacter panamensis (Cluster E) | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Complex | |||||||||
機能・相同性 | PHYCOCYANOBILIN 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Anthocerotibacter panamensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, C.H. / Yang, C.H. / Wu, H.Y. / Jiang, H.W. / Ho, M.C. / Ho, M.Y. | |||||||||
資金援助 | 台湾, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: A structure of the relict phycobilisome from a thylakoid-free cyanobacterium. 著者: Han-Wei Jiang / Hsiang-Yi Wu / Chun-Hsiung Wang / Cheng-Han Yang / Jui-Tse Ko / Han-Chen Ho / Ming-Daw Tsai / Donald A Bryant / Fay-Wei Li / Meng-Chiao Ho / Ming-Yang Ho / 要旨: Phycobilisomes (PBS) are antenna megacomplexes that transfer energy to photosystems II and I in thylakoids. PBS likely evolved from a basic, inefficient form into the predominant hemidiscoidal shape ...Phycobilisomes (PBS) are antenna megacomplexes that transfer energy to photosystems II and I in thylakoids. PBS likely evolved from a basic, inefficient form into the predominant hemidiscoidal shape with radiating peripheral rods. However, it has been challenging to test this hypothesis because ancestral species are generally inaccessible. Here we use spectroscopy and cryo-electron microscopy to reveal a structure of a "paddle-shaped" PBS from a thylakoid-free cyanobacterium that likely retains ancestral traits. This PBS lacks rods and specialized ApcD and ApcF subunits, indicating relict characteristics. Other features include linkers connecting two chains of five phycocyanin hexamers (CpcN) and two core subdomains (ApcH), resulting in a paddle-shaped configuration. Energy transfer calculations demonstrate that chains are less efficient than rods. These features may nevertheless have increased light absorption by elongating PBS before multilayered thylakoids with hemidiscoidal PBS evolved. Our results provide insights into the evolution and diversification of light-harvesting strategies before the origin of thylakoids. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8imm.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8imm.ent.gz | 1005.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8imm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8imm_validation.pdf.gz | 3.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8imm_full_validation.pdf.gz | 4.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8imm_validation.xml.gz | 217.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8imm_validation.cif.gz | 279.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8imm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8imm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35569MC 8imiC 8imjC 8imkC 8imlC 8imnC 8imoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 41分子 3ABCDEFNOPQRSabcdefGHIJKLTUVWX...
#1: タンパク質 | 分子量: 60337.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Anthocerotibacter panamensis (バクテリア) | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 17878.260 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Anthocerotibacter panamensis (バクテリア) #3: タンパク質 | 分子量: 18477.021 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Anthocerotibacter panamensis (バクテリア) #4: タンパク質 | 分子量: 8764.921 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Anthocerotibacter panamensis (バクテリア) #5: タンパク質 | | 分子量: 29086.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Anthocerotibacter panamensis (バクテリア) |
-非ポリマー , 1種, 54分子
#6: 化合物 | ChemComp-CYC / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rs2'I-Rs2'II, Rs1'I-Rs1'II, Rb'I-Rb'II cylinder in cyanobacterial phycobilisome from Anthocerotibacter panamensis (Cluster E) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Anthocerotibacter panamensis (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1109579 / 対称性のタイプ: POINT |