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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8imk | |||||||||
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タイトル | D3-D4, D1-D2, D'3-D'4, D'1-D'2 cylinder in cyanobacterial phycobilisome from Anthocerotibacter panamensis (Cluster C) | |||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Complex | |||||||||
機能・相同性 | PHYCOCYANOBILIN![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å | |||||||||
![]() | Wang, C.H. / Yang, C.H. / Wu, H.Y. / Jiang, H.W. / Ho, M.C. / Ho, M.Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A structure of the relict phycobilisome from a thylakoid-free cyanobacterium. 著者: Han-Wei Jiang / Hsiang-Yi Wu / Chun-Hsiung Wang / Cheng-Han Yang / Jui-Tse Ko / Han-Chen Ho / Ming-Daw Tsai / Donald A Bryant / Fay-Wei Li / Meng-Chiao Ho / Ming-Yang Ho / ![]() ![]() 要旨: Phycobilisomes (PBS) are antenna megacomplexes that transfer energy to photosystems II and I in thylakoids. PBS likely evolved from a basic, inefficient form into the predominant hemidiscoidal shape ...Phycobilisomes (PBS) are antenna megacomplexes that transfer energy to photosystems II and I in thylakoids. PBS likely evolved from a basic, inefficient form into the predominant hemidiscoidal shape with radiating peripheral rods. However, it has been challenging to test this hypothesis because ancestral species are generally inaccessible. Here we use spectroscopy and cryo-electron microscopy to reveal a structure of a "paddle-shaped" PBS from a thylakoid-free cyanobacterium that likely retains ancestral traits. This PBS lacks rods and specialized ApcD and ApcF subunits, indicating relict characteristics. Other features include linkers connecting two chains of five phycocyanin hexamers (CpcN) and two core subdomains (ApcH), resulting in a paddle-shaped configuration. Energy transfer calculations demonstrate that chains are less efficient than rods. These features may nevertheless have increased light absorption by elongating PBS before multilayered thylakoids with hemidiscoidal PBS evolved. Our results provide insights into the evolution and diversification of light-harvesting strategies before the origin of thylakoids. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 240.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 321.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35567MC ![]() 8imiC ![]() 8imjC ![]() 8imlC ![]() 8immC ![]() 8imnC ![]() 8imoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 6種, 54分子 12ACENOPQRSacenopqrsBDFbdfGHIT...
#1: タンパク質 | 分子量: 48790.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 17292.725 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 17470.910 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 17112.381 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 17524.729 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 6859.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 48分子 ![](data/chem/img/CYC.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-CYC / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: D3-D4, D1-D2, D'3-D'4, D'1-D'2 cylinder in cyanobacterial phycobilisome from Anthocerotibacter panamensis (Cluster C) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1109579 / 対称性のタイプ: POINT |