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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ilq | ||||||
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タイトル | Structure of SFTSV Gn-Gc heterodimer | ||||||
要素 | (Envelopment polyprotein) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SFTSV / virion / icosahedral reconstruction / VIRUS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Du, S. / Peng, R. / Qi, J. / Li, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus. 著者: Shouwen Du / Ruchao Peng / Wang Xu / Xiaoyun Qu / Yuhang Wang / Jiamin Wang / Letian Li / Mingyao Tian / Yudong Guan / Jigang Wang / Guoqing Wang / Hao Li / Lingcong Deng / Xiaoshuang Shi / ...著者: Shouwen Du / Ruchao Peng / Wang Xu / Xiaoyun Qu / Yuhang Wang / Jiamin Wang / Letian Li / Mingyao Tian / Yudong Guan / Jigang Wang / Guoqing Wang / Hao Li / Lingcong Deng / Xiaoshuang Shi / Yidan Ma / Fengting Liu / Minhua Sun / Zhengkai Wei / Ningyi Jin / Wei Liu / Jianxun Qi / Quan Liu / Ming Liao / Chang Li / 要旨: The severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a tick-borne human-infecting bunyavirus, which utilizes two envelope glycoproteins, Gn and Gc, to enter host cells. However, the ...The severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a tick-borne human-infecting bunyavirus, which utilizes two envelope glycoproteins, Gn and Gc, to enter host cells. However, the structure and organization of these glycoproteins on virion surface are not yet known. Here we describe the structure of SFTSV determined by single particle reconstruction, which allows mechanistic insights into bunyavirus assembly at near-atomic resolution. The SFTSV Gn and Gc proteins exist as heterodimers and further assemble into pentameric and hexameric peplomers, shielding the Gc fusion loops by both intra- and inter-heterodimer interactions. Individual peplomers are associated mainly through the ectodomains, in which the highly conserved glycans on N914 of Gc play a crucial role. This elaborate assembly stabilizes Gc in the metastable prefusion conformation and creates some cryptic epitopes that are only accessible in the intermediate states during virus entry. These findings provide an important basis for developing vaccines and therapeutic drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ilq.cif.gz | 187.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ilq.ent.gz | 144.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ilq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ilq_validation.pdf.gz | 786.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ilq_full_validation.pdf.gz | 799.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ilq_validation.xml.gz | 33.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ilq_validation.cif.gz | 50 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/8ilq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/8ilq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35540MC 8i4tC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61751.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) 参照: UniProt: A0A4D6J0G9 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 54994.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (ウイルス) 参照: UniProt: A0A4D6J0G9 | ||
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dabie bandavirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Dabie bandavirus (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
ウイルス殻 | 直径: 1100 nm / 三角数 (T数): 12 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 2249030 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: model vs map FSC 0.5 cut-off / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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