+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ijr | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The cryo-EM structure of human sphingomyelin synthase-related protein in complex with diacylglycerol/phosphoethanolamine | |||||||||
要素 | Sphingomyelin synthase-related protein 1 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / synthase / sphingomyelin / CPE / lipid metabolism | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ceramide phosphoethanolamine biosynthetic process / ceramide phosphoethanolamine synthase activity / sphingomyelin synthase activity / ceramide cholinephosphotransferase activity / regulation of ceramide biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / sphingomyelin biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / ceramide biosynthetic process / Golgi membrane ...ceramide phosphoethanolamine biosynthetic process / ceramide phosphoethanolamine synthase activity / sphingomyelin synthase activity / ceramide cholinephosphotransferase activity / regulation of ceramide biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / sphingomyelin biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / ceramide biosynthetic process / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Hu, K. / Zhang, Q. / Chen, Y. / Yao, D. / Zhou, L. / Cao, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of human sphingomyelin synthase and its mechanistic implications for sphingomyelin synthesis. 著者: Kexin Hu / Qing Zhang / Yang Chen / Jintong Yang / Ying Xia / Bing Rao / Shaobai Li / Yafeng Shen / Mi Cao / Hongliang Lu / An Qin / Xian-Cheng Jiang / Deqiang Yao / Jie Zhao / Lu Zhou / Yu Cao / 要旨: Sphingomyelin (SM) has key roles in modulating mammalian membrane properties and serves as an important pool for bioactive molecules. SM biosynthesis is mediated by the sphingomyelin synthase (SMS) ...Sphingomyelin (SM) has key roles in modulating mammalian membrane properties and serves as an important pool for bioactive molecules. SM biosynthesis is mediated by the sphingomyelin synthase (SMS) family, comprising SMS1, SMS2 and SMS-related (SMSr) members. Although SMS1 and SMS2 exhibit SMS activity, SMSr possesses ceramide phosphoethanolamine synthase activity. Here we determined the cryo-electron microscopic structures of human SMSr in complexes with ceramide, diacylglycerol/phosphoethanolamine and ceramide/phosphoethanolamine (CPE). The structures revealed a hexameric arrangement with a reaction chamber located between the transmembrane helices. Within this structure, a catalytic pentad E-H/D-H-D was identified, situated at the interface between the lipophilic and hydrophilic segments of the reaction chamber. Additionally, the study unveiled the two-step synthesis process catalyzed by SMSr, involving PE-PLC (phosphatidylethanolamine-phospholipase C) hydrolysis and the subsequent transfer of the phosphoethanolamine moiety to ceramide. This research provides insights into the catalytic mechanism of SMSr and expands our understanding of sphingolipid metabolism. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ijr.cif.gz | 301.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ijr.ent.gz | 245.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ijr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ijr_validation.pdf.gz | 719.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8ijr_full_validation.pdf.gz | 748.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ijr_validation.xml.gz | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ijr_validation.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/8ijr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/8ijr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48373.473 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAMD8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96LT4, sphingomyelin synthase #2: 化合物 | ChemComp-Z0P / ( #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The cryo-EM structure of human sphingomyelin synthase-related protein in complex with diacylglycerol/phosphoethanolamine タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 761985 / 対称性のタイプ: POINT |