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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8igg | ||||||
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タイトル | C2 reconstruction of the concave tetramer in the cube-like assembly of 201Phi2-1 gp105 | ||||||
要素 | Chimallin | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / jumbo phage 201phi2-1 / gp105 / nucleus-like structure. | ||||||
機能・相同性 | host cell cytoplasm / Chimallin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.09 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Z. / Xiang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2023 タイトル: Structural studies of the nucleus-like assembly of jumbo bacteriophage 201φ2-1. 著者: Zhe Liu / Ye Xiang / 要旨: The jumbo phages encode proteins that assemble to form a nucleus-like compartment in infected cells. Here we report the cryo-EM structure and biochemistry characterization of gp105, a protein that is ...The jumbo phages encode proteins that assemble to form a nucleus-like compartment in infected cells. Here we report the cryo-EM structure and biochemistry characterization of gp105, a protein that is encoded by the jumbo phage 201φ2-1 and is involved in the formation of the nucleus-like compartment in phage 201φ2-1 infected . We found that, although most gp105 molecules are in the monomeric state in solution, a small portion of gp105 assemble to form large sheet-like assemblies and small cube-like particles. Reconstruction of the cube-like particles showed that the particle consists of six flat head-to-tail tetramers arranged into an octahedral cube. The four molecules at the contact interface of two head-to-tail tetramers are 2-fold symmetry-related and constitute a concave tetramer. Further reconstructions without applying symmetry showed that molecules in the particles around the distal ends of a 3-fold axis are highly dynamic and have the tendency to open up the assembly. Local classifications and refinements of the concave tetramers in the cube-like particle resulted in a map of the concave tetramer at a resolution of 4.09 Å. Structural analysis of the concave tetramer indicates that the N and C terminal fragments of gp105 are important for mediating the intermolecular interactions, which was further confirmed by mutagenesis studies. Biochemistry assays showed that, in solution, the cube-like particles of gp105 are liable to either disassemble to form the monomers or recruit more molecules to form the high molecular weight lattice-like assembly. We also found that monomeric gp105s can self-assemble to form large sheet-like assemblies , and the assembly of gp105 is a reversible dynamic process and temperature-dependent. Taken together, our results revealed the dynamic assembly of gp105, which helps to understand the development and function of the nucleus-like compartment assembled by phage-encoded proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8igg.cif.gz | 355.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8igg.ent.gz | 289.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8igg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8igg_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8igg_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8igg_validation.xml.gz | 61.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8igg_validation.cif.gz | 93.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/8igg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/8igg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35432MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70654.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) 遺伝子: 201phi2-1p105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3FIW8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 201Phi2-1 gp105 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage 201phi2-1 (ファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 290996 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |