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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ifk | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of monomeric SPARTA gRNA-ssDNA target complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) Escherichia coli 'BL21-GoldpLysS AG' | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J.T. / Jia, N. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Target ssDNA activates the NADase activity of prokaryotic SPARTA immune system. 著者: Jun-Tao Zhang / Xin-Yang Wei / Ning Cui / Ruilin Tian / Ning Jia / 要旨: Argonaute proteins (Agos), which use small RNAs or DNAs as guides to recognize complementary nucleic acid targets, mediate RNA silencing in eukaryotes. In prokaryotes, Agos are involved in immunity: ...Argonaute proteins (Agos), which use small RNAs or DNAs as guides to recognize complementary nucleic acid targets, mediate RNA silencing in eukaryotes. In prokaryotes, Agos are involved in immunity: the short prokaryotic Ago/TIR-APAZ (SPARTA) immune system triggers cell death by degrading NAD in response to invading plasmids, but its molecular mechanisms remain unknown. Here we used cryo-electron microscopy to determine the structures of inactive monomeric and active tetrameric Crenotalea thermophila SPARTA complexes, revealing mechanisms underlying SPARTA assembly, RNA-guided recognition of target single-stranded DNA (ssDNA) and subsequent SPARTA tetramerization, as well as tetramerization-dependent NADase activation. The small RNA guides Ago to recognize its ssDNA target, inducing SPARTA tetramerization via both Ago- and TIR-mediated interactions and resulting in a two-stranded, parallel, head-to-tail TIR rearrangement primed for NAD hydrolysis. Our findings thus identify the molecular basis for target ssDNA-mediated SPARTA activation, which will facilitate the development of SPARTA-based biotechnological tools. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ifk.cif.gz | 205 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ifk.ent.gz | 154.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ifk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ifk_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ifk_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ifk_validation.xml.gz | 37 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ifk_validation.cif.gz | 54 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/8ifk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/8ifk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53256.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) 遺伝子: SAMN05660895_1670 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1I7NFG5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 58304.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) 遺伝子: SAMN05660895_1671 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1I7NFD7 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 6658.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 7680.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CrtSPARTA-gRNA-tDNA ternary complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 615987 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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