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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iam | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast SPT-ORM2 (ORM2-S3D) complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / ceramide / phosphorylation / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / multidimensional cell growth / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / : / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process ...positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / multidimensional cell growth / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / : / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / regulation of programmed cell death / sphingosine biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / response to unfolded protein / enzyme activator activity / Neutrophil degranulation / pyridoxal phosphate binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, T. / Gong, X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024 タイトル: Collaborative regulation of yeast SPT-Orm2 complex by phosphorylation and ceramide. 著者: Tian Xie / Feitong Dong / Gongshe Han / Xinyue Wu / Peng Liu / Zike Zhang / Jianlong Zhong / Somashekarappa Niranjanakumari / Kenneth Gable / Sita D Gupta / Wenchen Liu / Peter J Harrison / ...著者: Tian Xie / Feitong Dong / Gongshe Han / Xinyue Wu / Peng Liu / Zike Zhang / Jianlong Zhong / Somashekarappa Niranjanakumari / Kenneth Gable / Sita D Gupta / Wenchen Liu / Peter J Harrison / Dominic J Campopiano / Teresa M Dunn / Xin Gong / 要旨: The homeostatic regulation of serine palmitoyltransferase (SPT) activity in yeast involves N-terminal phosphorylation of Orm proteins, while higher eukaryotes lack these phosphorylation sites. ...The homeostatic regulation of serine palmitoyltransferase (SPT) activity in yeast involves N-terminal phosphorylation of Orm proteins, while higher eukaryotes lack these phosphorylation sites. Although recent studies have indicated a conserved ceramide-mediated feedback inhibition of the SPT-ORM/ORMDL complex in higher eukaryotes, its conservation and relationship with phosphorylation regulation in yeast remain unclear. Here, we determine the structure of the yeast SPT-Orm2 complex in a dephosphomimetic state and identify an evolutionarily conserved ceramide-sensing site. Ceramide stabilizes the dephosphomimetic Orm2 in an inhibitory conformation, facilitated by an intramolecular β-sheet between the N- and C-terminal segments of Orm2. Moreover, we find that a phosphomimetic mutant of Orm2, positioned adjacent to its intramolecular β-sheet, destabilizes the inhibitory conformation of Orm2. Taken together, our findings suggest that both Orm dephosphorylation and ceramide binding are crucial for suppressing SPT activity in yeast. This highlights a distinctive regulatory mechanism in yeast involving the collaborative actions of phosphorylation and ceramide. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iam.cif.gz | 451.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iam.ent.gz | 363.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iam.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8iam_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8iam_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8iam_validation.xml.gz | 72 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8iam_validation.cif.gz | 108.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8iam ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8iam | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 35310MC 8iajC 8iakC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFDHCG
#1: タンパク質 | 分子量: 59354.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: LCB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q94IB8, UniProt: P25045, serine C-palmitoyltransferase #2: タンパク質 | 分子量: 63189.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: LCB2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40970, serine C-palmitoyltransferase #3: タンパク質 | 分子量: 24962.631 Da / 分子数: 2 / Mutation: S46D,S47D,S48D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: ORM2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q06144 #4: タンパク質 | 分子量: 9590.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: TSC3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q3E790 |
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-非ポリマー , 2種, 4分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SPT-ORM2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 155763 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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