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万見
- PDB-8i9j: The PKR and E3L complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i9j
タイトルThe PKR and E3L complex
要素
  • (RNA-binding protein E3) x 2
  • Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase
キーワードVIRAL PROTEIN/TRANSFERASE / E3L / PKR / Vaccinia Virus / VIRAL PROTEIN-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Inhibition of PKR / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to interferon-alpha / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / suppression by virus of host type I interferon production / negative regulation of osteoblast proliferation / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis ...regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Inhibition of PKR / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / response to interferon-alpha / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / suppression by virus of host type I interferon production / negative regulation of osteoblast proliferation / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / protein phosphatase regulator activity / evasion of host immune response / SUMOylation of immune response proteins / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of chemokine production / endoplasmic reticulum unfolded protein response / antiviral innate immune response / protein sequestering activity / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of cytokine production / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / response to virus / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / double-stranded RNA binding / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / kinase activity / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / defense response to virus / protein autophosphorylation / positive regulation of MAPK cascade / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribosome / protein phosphorylation / translation / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein E3 / EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / : / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif ...Protein E3 / EIF2AK2, first double-stranded RNA binding domain / EIF2AK2, second double-stranded RNA binding domain / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / : / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase / RNA-binding protein OPG065
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus WR (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.39 Å
データ登録者Han, C.W. / Kim, H.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2023
タイトル: Structural study of novel vaccinia virus E3L and dsRNA-dependent protein kinase complex.
著者: Hyeon Jin Kim / Chang Woo Han / Mi Suk Jeong / Se Bok Jang /
要旨: E3L (RNA-binding protein E3) is one of the key IFN resistance genes encoded by VV and consists of 190 amino acids with a highly conserved carboxy-terminal double-stranded RNA-binding domain (dsRBD). ...E3L (RNA-binding protein E3) is one of the key IFN resistance genes encoded by VV and consists of 190 amino acids with a highly conserved carboxy-terminal double-stranded RNA-binding domain (dsRBD). PKR (dsRNA-dependent protein kinase) is an IFN-induced protein involved in anti-cell and antiviral activity. PKR inhibits the initiation of translation through alpha subunit of the initiation factor eIF2 (eIF2α) and mediates several transcription factors such as NF-κB, p53 or STATs. Activated PKR also induces apoptosis in vaccinia virus infection. E3L is required for viral IFN resistance and directly binds to PKR to block activation of PKR. In this work, we determined the three-dimensional complex structure of E3L and PKR using cryo-EM and determined the important residues involved in the interaction. In addition, PKR peptide binds to E3L and can increase protein levels of phosphorus-PKR and phosphorus-eIF2α-induced cell apoptosis through upregulation of phosphorus-PKR in HEK293 cells. Taken together, structural insights into E3L and PKR will provide a new optimization and development of vaccinia virus drugs.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA-binding protein E3
A: Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase
C: RNA-binding protein E3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6633
ポリマ－36,6633
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein E3 / p25


分子量: 7041.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR059, E3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21605
#2: タンパク質 Interferon-induced, double-stranded RNA-activated protein kinase / Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 2 / eIF-2A protein kinase 2 / Interferon- ...Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 2 / eIF-2A protein kinase 2 / Interferon-inducible RNA-dependent protein kinase / P1/eIF-2A protein kinase / Protein kinase RNA-activated / PKR / Protein kinase R / Tyrosine-protein kinase EIF2AK2 / p68 kinase


分子量: 19705.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2AK2, PKR, PRKR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19525, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#3: タンパク質 RNA-binding protein E3 / p25


分子量: 9916.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / 遺伝子: VACWR059, E3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21605

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The PKR and E3L complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 39.99 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 6.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 307424 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00814488
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.06817788
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1105381
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061690
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.28361934

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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