+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hw4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of dehydroepiandrosterone sulfate-bound human ABC transporter ABCC3 in nanodiscs | ||||||
![]() | ATP-binding cassette sub-family C member 3 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / TRANSPORT PROTEIN / multidrug resistance protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucuronoside transmembrane transporter activity / icosanoid transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / leukotriene transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME ...glucuronoside transmembrane transporter activity / icosanoid transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / leukotriene transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME / xenobiotic transport / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / bile acid and bile salt transport / ABC-type xenobiotic transporter activity / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / Aspirin ADME / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / Recycling of bile acids and salts / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | ||||||
![]() | Wang, J. / Wang, F.F. / Chen, Y.X. / Zhou, C.Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Placing steroid hormones within the human ABCC3 transporter reveals a compatible amphiphilic substrate-binding pocket. 著者: Jie Wang / Xu Li / Fang-Fang Wang / Meng-Ting Cheng / Yao-Xu Mao / Shu-Cheng Fang / Liang Wang / Cong-Zhao Zhou / Wen-Tao Hou / Yuxing Chen / ![]() 要旨: The human ABC transporter ABCC3 (also known as MRP3) transports a wide spectrum of substrates, including endogenous metabolites and exogenous drugs. Accordingly, it participates in multiple ...The human ABC transporter ABCC3 (also known as MRP3) transports a wide spectrum of substrates, including endogenous metabolites and exogenous drugs. Accordingly, it participates in multiple physiological processes and is involved in diverse human diseases such as intrahepatic cholestasis of pregnancy, which is caused by the intracellular accumulation of bile acids and estrogens. Here, we report three cryogenic electron microscopy structures of ABCC3: in the apo-form and in complexed forms bound to either the conjugated sex hormones β-estradiol 17-(β-D-glucuronide) and dehydroepiandrosterone sulfate. For both hormones, the steroid nuclei that superimpose against each other occupy the hydrophobic center of the transport cavity, whereas the two conjugation groups are separated and fixed by the hydrophilic patches in two transmembrane domains. Structural analysis combined with site-directed mutagenesis and ATPase activity assays revealed that ABCC3 possesses an amphiphilic substrate-binding pocket able to hold either conjugated hormone in an asymmetric pattern. These data build on consensus features of the substrate-binding pocket of MRPs and provide a structural platform for the rational design of inhibitors. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 250 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 197.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35050MC ![]() 8hvhC ![]() 8hw2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 169504.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: O15438, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う, ABC-type xenobiotic transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Human dehydroepiandrosterone sulfate-bound ABC transporter ABCC3 in nanodiscs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 169.4 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1.85 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240291 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|