+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8htu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of PpPSI-L | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / Lhcb9 / PSI | ||||||
機能・相同性 | ![]() plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I ...plastoglobule / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / chloroplast envelope / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | ||||||
![]() | Li, M. / Pan, X.W. / Sun, H.Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the assembly and energy transfer of the Lhcb9-dependent photosystem I from moss Physcomitrium patens. 著者: Haiyu Sun / Hui Shang / Xiaowei Pan / Mei Li / ![]() 要旨: In plants and green algae, light-harvesting complexes I and II (LHCI and LHCII) constitute the antennae of photosystem I (PSI), thus effectively increasing the cross-section of the PSI core. The moss ...In plants and green algae, light-harvesting complexes I and II (LHCI and LHCII) constitute the antennae of photosystem I (PSI), thus effectively increasing the cross-section of the PSI core. The moss Physcomitrium patens (P. patens) represents a well-studied primary land-dwelling photosynthetic autotroph branching from the common ancestor of green algae and land plants at the early stage of evolution. P. patens possesses at least three types of PSI with different antenna sizes. The largest PSI form (PpPSI-L) exhibits a unique organization found neither in flowering plants nor in algae. Its formation is mediated by the P. patens-specific LHC protein, Lhcb9. While previous studies have revealed the overall architecture of PpPSI-L, its assembly details and the relationship between different PpPSI types remain unclear. Here we report the high-resolution structure of PpPSI-L. We identified 14 PSI core subunits, one Lhcb9, one phosphorylated LHCII trimer and eight LHCI monomers arranged as two belts. Our structural analysis established the essential role of Lhcb9 and the phosphorylated LHCII in stabilizing the complex. In addition, our results suggest that PpPSI switches between different types, which share identical modules. This feature may contribute to the dynamic adjustment of the light-harvesting capability of PSI under different light conditions. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 17.5 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 18.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 287.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 345.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35018MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 6種, 12分子 UVW152637489
#1: タンパク質 | 分子量: 28403.947 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 25931.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 29036.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 34673.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 28818.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #20: タンパク質 | | 分子量: 33175.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#6: タンパク質 | 分子量: 83226.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#7: タンパク質 | 分子量: 82447.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 CL
#8: タンパク質 | 分子量: 8781.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#17: タンパク質 | 分子量: 23530.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFGHIJM
#9: タンパク質 | 分子量: 22183.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#10: タンパク質 | 分子量: 13919.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 26112.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 16231.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 14506.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4017.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4597.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3412.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Photosystem I subunit ... , 2種, 2分子 KO
#16: タンパク質 | 分子量: 13278.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#19: タンパク質 | 分子量: 15393.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-糖 , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#31: 糖 | ChemComp-LMT / #32: 糖 | ChemComp-DGD / | |
---|
-非ポリマー , 11種, 363分子 ![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/NEX.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/NEX.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#21: 化合物 | ChemComp-CHL / #22: 化合物 | ChemComp-CLA / #23: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #24: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #25: 化合物 | ChemComp-NEX / ( #26: 化合物 | ChemComp-LHG / #27: 化合物 | ChemComp-BCR / #28: 化合物 | ChemComp-LMG / #29: 化合物 | #30: 化合物 | #33: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: photosystem I from Physcomitrium patens / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144586 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|