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万見
- PDB-8hn1: Cryo-EM structure of AdTx1-alpha1AAR-Nb6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hn1
タイトルCryo-EM structure of AdTx1-alpha1AAR-Nb6
要素
  • Alpha-1A adrenergic receptor
  • Nb6
  • Toxin AdTx1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Toxin / alpha1AAR / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / pilomotor reflex / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of action potential ...negative regulation of heart rate involved in baroreceptor response to increased systemic arterial blood pressure / alpha1-adrenergic receptor activity / positive regulation of the force of heart contraction by epinephrine-norepinephrine / norepinephrine-epinephrine vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / pilomotor reflex / positive regulation of heart rate by epinephrine-norepinephrine / neuron-glial cell signaling / cell growth involved in cardiac muscle cell development / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of action potential / positive regulation of smooth muscle contraction / adult heart development / Adrenoceptors / calcium ion transport into cytosol / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / : / smooth muscle contraction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of autophagy / response to hormone / caveola / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / MAPK cascade / G alpha (12/13) signalling events / cell-cell signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / toxin activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / nuclear membrane / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha 1A adrenoceptor / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / Adrenoceptor family / Snake toxin-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Alpha 1A adrenoceptor / Snake three-finger toxin / Snake toxins signature. / Snake toxin, conserved site / Adrenoceptor family / Snake toxin-like superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1A adrenergic receptor / Toxin AdTx1
類似検索 - 構成要素
生物種Dendroaspis angusticeps (コブラ)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liu, X. / Shi, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32122041 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100968 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of AdTx1-alpha1AAR-Nb6
著者: Liu, X. / Shi, M.
履歴
登録2022年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Toxin AdTx1
A: Alpha-1A adrenergic receptor
D: Nb6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3003
ポリマ－61,3003
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Toxin AdTx1 / Rho-elapitoxin-Da1a / Rho-Da1a / Rho-EPTX-Da1a


分子量: 7743.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dendroaspis angusticeps (コブラ) / 発現宿主: Trichoplusia (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P85092
#2: タンパク質 Alpha-1A adrenergic receptor / Alpha-1A adrenoreceptor / Alpha-1A adrenoceptor / Alpha-1C adrenergic receptor / Alpha-adrenergic receptor 1c


分子量: 38825.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADRA1A, ADRA1C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35348
#3: 抗体 Nb6


分子量: 14730.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of AdTx1-alpha1AAR-Nb6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 616710 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033646
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5234960
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.242502
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04570
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004616

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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