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万見
- PDB-8hmz: Cryo-EM structure of the human post-catalytic TSEN/pre-tRNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hmz
タイトルCryo-EM structure of the human post-catalytic TSEN/pre-tRNA complex
要素
  • (tRNA-splicing endonuclease subunit ...) x 3
  • Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a
  • Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1
  • Pre-tRNA 3' END
  • Pre-tRNA 5' END
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / pre-tRNA splicing / TSEN / pre-tRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-intron endonuclease complex / ATP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation ...tRNA-intron endonuclease complex / ATP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / mRNA cleavage factor complex / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / global gene silencing by mRNA cleavage / cerebellar cortex development / Processing of Intronless Pre-mRNAs / RISC complex assembly / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA processing / nucleic acid binding / lyase activity / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1 / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain ...tRNA-splicing endonuclease, SEN2 subunit / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54, N-terminal / tRNA-splicing endonuclease, subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit sen54 N-term / tRNA-splicing endonuclease, SEN34 subunit / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15 / Sen15 protein / Pre-mRNA cleavage complex subunit Clp1, C-terminal / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1 / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain / Clp1, C-terminal domain superfamily / Clp1, N-terminal beta-sandwich domain superfamily / Pre-mRNA cleavage complex II protein Clp1 / N-terminal beta-sandwich domain of polyadenylation factor / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1, P-loop domain / Polyribonucleotide 5-hydroxyl-kinase Clp1/Grc3 / mRNA cleavage and polyadenylation factor CLP1 P-loop / tRNA endonuclease-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1 / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, X. / Yang, F. / Zhan, X. / Shi, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of pre-tRNA intron removal by human tRNA splicing endonuclease.
著者: Xiaofeng Zhang / Fenghua Yang / Xiechao Zhan / Tong Bian / Zhihan Xing / Yichen Lu / Yigong Shi /
要旨: Removal of the intron from precursor-tRNA (pre-tRNA) is essential in all three kingdoms of life. In humans, this process is mediated by the tRNA splicing endonuclease (TSEN) comprising four subunits: ...Removal of the intron from precursor-tRNA (pre-tRNA) is essential in all three kingdoms of life. In humans, this process is mediated by the tRNA splicing endonuclease (TSEN) comprising four subunits: TSEN2, TSEN15, TSEN34, and TSEN54. Here, we report the cryo-EM structures of human TSEN bound to full-length pre-tRNA in the pre-catalytic and post-catalytic states at average resolutions of 2.94 and 2.88 Å, respectively. Human TSEN features an extended surface groove that holds the L-shaped pre-tRNA. The mature domain of pre-tRNA is recognized by conserved structural elements of TSEN34, TSEN54, and TSEN2. Such recognition orients the anticodon stem of pre-tRNA and places the 3'-splice site and 5'-splice site into the catalytic centers of TSEN34 and TSEN2, respectively. The bulk of the intron sequences makes no direct interaction with TSEN, explaining why pre-tRNAs of varying introns can be accommodated and cleaved. Our structures reveal the molecular ruler mechanism of pre-tRNA cleavage by TSEN.
履歴
登録2022年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2
B: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34
C: tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54
D: Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a
5: Pre-tRNA 5' END
3: Pre-tRNA 3' END
E: Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,91413
ポリマ－261,7687
非ポリマー1466
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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TRNA-splicing endonuclease subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen2 / tRNA-intron endonuclease Sen2 / HsSen2


分子量: 55459.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN2, SEN2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NCE0, tRNA-intron lyase
#2: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen34 / Leukocyte receptor cluster member 5 / tRNA-intron endonuclease Sen34 / HsSen34


分子量: 35827.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN34, LENG5, SEN34 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BSV6, tRNA-intron lyase
#3: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease subunit Sen54 / SEN54 homolog / HsSEN54 / tRNA-intron endonuclease Sen54


分子量: 61032.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN54, SEN54 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z6J9

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タンパク質 , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 Chromosome 1 open reading frame 19, isoform CRA_a / tRNA-splicing endonuclease subunit Sen15


分子量: 22796.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSEN15, C1orf19, hCG_40901 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2U3TZM3
#7: タンパク質 Polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase Clp1 / Polyadenylation factor Clp1 / Polynucleotide kinase Clp1 / Pre-mRNA cleavage complex II protein Clp1


分子量: 49837.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated that for the low map coverage of chain E, this is caused mainly by the weakness of EM density map of chain E. The chain E could be modelled in the low-pass filtered EM map.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLP1, HEAB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92989, polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase

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RNA鎖 , 2種, 2分子 53

#5: RNA鎖 Pre-tRNA 5' END


分子量: 23327.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#6: RNA鎖 Pre-tRNA 3' END


分子量: 13488.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 1種, 6分子

#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The human pre-catalytic TSEN/pre-tRNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 309195 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.9 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00410033
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69413973
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.4262055
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431602
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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