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万見
- PDB-8hmb: Cryo-EM structure of human high-voltage activated L-type calcium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hmb
タイトルCryo-EM structure of human high-voltage activated L-type calcium channel CaV1.2 in complex with benidipine (BEN)
要素
  • (Voltage-dependent ...) x 2
  • Isoform 2c of Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ben bound state
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / Phase 2 - plateau phase / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during AV node cell action potential / membrane depolarization during bundle of His cell action potential ...voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / positive regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / Phase 2 - plateau phase / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during AV node cell action potential / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / L-type voltage-gated calcium channel complex / photoreceptor ribbon synapse / positive regulation of calcium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / NCAM1 interactions / calcium ion import / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / calcium ion transport into cytosol / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / voltage-gated calcium channel complex / neuromuscular junction development / neuronal dense core vesicle / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of calcium ion transport / calcium ion import across plasma membrane / voltage-gated calcium channel activity / 横行小管 / 視覚 / 筋小胞体 / Regulation of insulin secretion / protein localization to plasma membrane / postsynaptic density membrane / calcium channel activity / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / actin filament binding / presynapse / chemical synaptic transmission / perikaryon / 樹状突起 / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal ...Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-2 subunit / CACNB2, SH3 domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1C subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-terminal / Voltage-gated calcium channel subunit alpha, C-term / Voltage-dependent calcium channel, L-type, alpha-1 subunit / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / : / ヘキサデカン / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wei, Y. / Yu, Z. / Zhao, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural bases of inhibitory mechanism of Ca1.2 channel inhibitors.
著者: Yiqing Wei / Zhuoya Yu / Lili Wang / Xiaojing Li / Na Li / Qinru Bai / Yuhang Wang / Renjie Li / Yufei Meng / Hao Xu / Xianping Wang / Yanli Dong / Zhuo Huang / Xuejun Cai Zhang / Yan Zhao /
要旨: The voltage-gated calcium channel Ca1.2 is essential for cardiac and vessel smooth muscle contractility and brain function. Accumulating evidence demonstrates that malfunctions of Ca1.2 are involved ...The voltage-gated calcium channel Ca1.2 is essential for cardiac and vessel smooth muscle contractility and brain function. Accumulating evidence demonstrates that malfunctions of Ca1.2 are involved in brain and heart diseases. Pharmacological inhibition of Ca1.2 is therefore of therapeutic value. Here, we report cryo-EM structures of Ca1.2 in the absence or presence of the antirheumatic drug tetrandrine or antihypertensive drug benidipine. Tetrandrine acts as a pore blocker in a pocket composed of S6, S6, and S6 helices and forms extensive hydrophobic interactions with Ca1.2. Our structure elucidates that benidipine is located in the D-D fenestration site. Its hydrophobic sidechain, phenylpiperidine, is positioned at the exterior of the pore domain and cradled within a hydrophobic pocket formed by S5, S6, and S6 helices, providing additional interactions to exert inhibitory effects on both L-type and T-type voltage gated calcium channels. These findings provide the structural foundation for the rational design and optimization of therapeutic inhibitors of voltage-gated calcium channels.
履歴
登録2022年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Isoform 2c of Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2
D: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha
E: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,50925
ポリマ－436,0973
非ポリマー6,41222
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Voltage-dependent ... , 2種, 2分子 DE

#2: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha


分子量: 243947.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNA1C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0A0MSA1
#3: タンパク質 Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 / 電位依存性カルシウムチャネル / Voltage-gated calcium channel subunit alpha-2/delta-1


分子量: 121197.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNA2D1, CACNL2A, CCHL2A, MHS3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P54289

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タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 C

#1: タンパク質 Isoform 2c of Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-2 / CAB2 / Calcium channel voltage-dependent subunit beta 2 / Lambert-Eaton myasthenic syndrome antigen B / MYSB


分子量: 70952.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CACNB2, CACNLB2, MYSB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08289
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 14分子

#4: 化合物
ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H34
#5: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 748.065 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-A1AC8 / (3R)-1-benzylpiperidin-3-yl methyl (2R,3R,4R,5R,6S)-2,6-dimethyl-4-(3-nitrophenyl)piperidine-3,5-dicarboxylate


分子量: 506.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H32N3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CaV3.3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 9.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65662 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00719874
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76726883
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.4552869
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0513096
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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