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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hla | ||||||
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タイトル | Heteromeric ring comprised of peroxiredoxin from Thermococcus kodakaraensis (TkPrx) F42C/C46S/C205S/C211S mutant modified with 2-(bromoacetyl)naphthalene (Naph@TkPrx*F42C) and TkPrx C46S/F76C/C205S/C211S mutant modified with 2-(bromoacetyl)naphthalene (Naph@TkPrx*F76C) (Naph@(MIX|3:3)) | ||||||
要素 | (Peroxiredoxin) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin / Complex / Protein protein interactions | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to stress / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Himiyama, T. / Hamaguchi, T. / Yonekura, K. / Nakamura, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioconjug Chem / 年: 2023 タイトル: Unnaturally Distorted Hexagonal Protein Ring Alternatingly Reorganized from Two Distinct Chemically Modified Proteins. 著者: Tomoki Himiyama / Tasuku Hamaguchi / Koji Yonekura / Tsutomu Nakamura / 要旨: In this study, we constructed a semiartificial protein assembly of alternating ring type, which was modified from the natural assembly state via incorporation of a synthetic component at the protein ...In this study, we constructed a semiartificial protein assembly of alternating ring type, which was modified from the natural assembly state via incorporation of a synthetic component at the protein interface. For the redesign of a natural protein assembly, a scrap-and-build approach employing chemical modification was used. Two different protein dimer units were designed based on peroxiredoxin from , which originally forms a dodecameric hexagonal ring with six homodimers. The two dimeric mutants were reorganized into a ring by reconstructing the protein-protein interactions via synthetic naphthalene moieties introduced by chemical modification. Cryo-electron microscopy revealed the formation of a uniquely shaped dodecameric hexagonal protein ring with broken symmetry, distorted from the regular hexagon of the wild-type protein. The artificially installed naphthalene moieties were arranged at the interfaces of dimer units, forming two distinct protein-protein interactions, one of which is highly unnatural. This study deciphered the potential of the chemical modification technique that constructs semiartificial protein structures and assembly hardly accessible by conventional amino acid mutations. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hla.cif.gz | 446.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hla.ent.gz | 374.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hla_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hla_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hla_validation.xml.gz | 92.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hla_validation.cif.gz | 136.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hla | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34859MC 8hh0C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24585.141 Da / 分子数: 6 / 変異: C46S,F76C,C205S,C211S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) 遺伝子: TK0537 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5JF30, thioredoxin-dependent peroxiredoxin #2: タンパク質 | 分子量: 24585.143 Da / 分子数: 6 / 変異: F42C,C46S,C205S,C211S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) 遺伝子: TK0537 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5JF30, thioredoxin-dependent peroxiredoxin #3: 化合物 | ChemComp-FL3 / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Naph@MIX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 60000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / 最低温度: 89 K |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 599283 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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